«Краковия», основанная 13 июня 1906 года, считается старейшим непрерывно существующим спортивным клубом Польши — на этот титул претендует лишь её главный соперник, «Висла» (Краков), созданная в том же году. С первых лет команда играла в бело-красную полоску, перекликающуюся с цветами национального флага — во времена разделов Польши это имело особый патриотический смысл, отсюда и прозвище клуба — «Пасы» («Полосатые»).
На счету «Краковии» пять чемпионских титулов Польши — 1921, 1930, 1932, 1937 и 1948 годов; первый из них, завоёванный ещё по кубковой системе розыгрыша, считается первым чемпионским титулом в истории польского футбола. Среди авторов того успеха называют Юзефа Калужу, нападающего клуба в 1912–1931 годах, который позднее возглавлял сборную Польши (1932–1939) и добился с ней наибольших успехов вплоть до эпохи Казимежа Гурского; сегодня его имя носит улица рядом со стадионом клуба.
Сам стадион на улице Юзефа Калужи носит имя маршала Юзефа Пилсудского, главы польского государства, который признавался, что именно «Краковия» пробудила в нём интерес к спорту.
Старейшее и самое принципиальное противостояние клуба — так называемая «Святая война» с «Вислой» — остаётся одним из главных дерби польского футбола. В последние годы «Краковия» пополнила коллекцию трофеев Кубком Польши (2019/20) и Суперкубком Польши (2020/21), благодаря которым впервые вышла в еврокубки.