«ФК Нови-Пазар» ждал девяносто восемь лет, чтобы впервые в своей истории сыграть в еврокубках. Клуб был образован в 1928 году под названием «ФК Санджак» - в честь региона Санджак, чьё преимущественно боснийско-мусульманское население и сегодня формирует идентичность клуба. Нынешнее название команда приняла в 1962 году, после слияния с местным клубом «ФК Рас».
Большую часть своей истории «Нови-Пазар» оставался региональным клубом, выступавшим в низших дивизионах бывшей Югославии, и одним из заметных ранних достижений стало второе место во Второй лиге, Восточной группе, в сезоне 1984/85, обеспечившее выход в высший дивизион. Настоящий прорыв произошёл лишь после того, как сербский футбол обрёл самостоятельность - в сезоне 2011/12 клуб впервые в своей истории вышел в Суперлигу Сербии, воспользовавшись отказом белградского БАСК от участия в турнире. После короткого вылета в 2017 году «Нови-Пазар» вернулся в высший дивизион в 2019 году и с тех пор планомерно укреплял свои позиции среди элиты страны.
Историческая веха наступила в сезоне 2024/25, когда «Нови-Пазар» занял третье место в таблице Суперлиги - лучший результат в почти столетней истории клуба, - впервые обеспечив себе выход в еврокубки. Летом 2025 года команда дебютировала в квалификации Лиги конференций, встретившись во втором квалификационном раунде с польской «Ягеллонией» из Белостока при полном стадионе на Городском стадионе в Нови-Пазаре. Известная как «Плави» (синие), команда пользуется поддержкой трёх фанатских групп - «Экстреми», «Торсида Санджак» и «Ультра Аззурро», - которые на протяжении десятилетий создают одну из самых узнаваемых атмосфер на трибунах Сербии.