Middlesbrough, fundado en 1876 por miembros de un club de críquet local, es uno de los clubes de fútbol más antiguos del noreste de Inglaterra. En su etapa amateur, el club conquistó la FA Amateur Cup en dos ocasiones, en 1895 y 1898, antes de convertirse en profesional de forma definitiva en 1899 e ingresar en la Football League. En 1905, Middlesbrough fichó al delantero Alf Common procedente del Sunderland por 1.000 libras, cifra que lo convirtió en el primer futbolista de la historia traspasado por una cantidad de cuatro cifras.
El mejor resultado liguero de la historia del club, un tercer puesto en la antigua Primera División, se logró en la temporada 1913-14. Durante la mayor parte del siglo XX, Middlesbrough fue un habitual de las dos máximas categorías del fútbol inglés y fue uno de los miembros fundadores de la Premier League en 1992. Durante mucho tiempo, sin embargo, los títulos se le resistieron.
Eso cambió en 2004, cuando Middlesbrough venció al Bolton Wanderers por 2-1 en la final de la Copa de la Liga disputada en el Millennium Stadium de Cardiff, logrando así el primer gran título de su historia.
Dos años después, Middlesbrough vivió la aventura europea más espectacular protagonizada por un club inglés ajeno a la élite tradicional. Dirigido por el técnico Steve McClaren, alcanzó la final de la Copa de la UEFA de 2006 gracias a dos remontadas extraordinarias en el Riverside Stadium. En cuartos de final, tras perder 2-0 en Suiza y quedar 3-0 abajo en el global al comienzo de la vuelta, el Boro remontó para ganar 4-1 al FC Basilea. En semifinales, tras caer 1-0 como visitante ante el Steaua de Bucarest, volvió a dar la vuelta a una desventaja de dos goles en el global, venciendo 4-2 en casa; en ambas eliminatorias, el delantero Massimo Maccarone anotó el gol decisivo en los minutos finales. La propia final, disputada en Eindhoven ante el Sevilla, no tuvo un desenlace de cuento de hadas: Middlesbrough perdió 4-0 ante un Sevilla inspirado por el doblete de Enzo Maresca, con el capitán Gareth Southgate al frente de un equipo que terminó como subcampeón.
Desde 1995, Middlesbrough disputa sus partidos como local en el Riverside Stadium, construido junto al río Tees tras 92 años en Ayresome Park. Conocido por su afición simplemente como "Boro", el club ha alternado en las dos décadas siguientes entre la Premier League y la Championship, pero la Copa de la Liga de 2004 y la marcha hasta Eindhoven siguen siendo los dos logros que definen su historia.