El FC St. Pauli es un club cuya identidad no se sustenta en los títulos, sino en la cultura, la simbología y una determinada postura social. Su emblema más reconocible, la calavera con las tibias cruzadas (en alemán, Totenkopf), no nació en un departamento de marketing, sino en las gradas. Hacia 1986, un aficionado conocido como Doc Mabuse, vecino de las casas okupadas de la Hafenstraße, llevó al estadio una bandera con la calavera obtenida en la feria del Hamburger Dom, y la idea pronto tuvo imitadores. De forma independiente, el serígrafo Steph Braun creó hacia 1989 el diseño característico del club, basando la calavera en una lámina de un antiguo libro de anatomía; el club lo adoptó oficialmente a finales de los años noventa.
Fundado el 15 de mayo de 1910, el club representa al barrio hamburgués de St. Pauli, famoso por su puerto, su vida nocturna y la cultura alternativa que gira en torno a la Reeperbahn. Durante la década de 1980 se formó en torno al equipo una comunidad de aficionados singular, surgida de la escena punk y del movimiento okupa de la ciudad. St. Pauli se opone de manera constante al racismo, al fascismo y a la homofobia, principios que ha llegado a inscribir en sus propios estatutos.
En lo deportivo, el club ha pasado la mayor parte de su historia entre las dos primeras divisiones de Alemania y nunca ha ganado un campeonato nacional. Su leyenda se construye más bien sobre partidos concretos e inolvidables. El más célebre tuvo lugar el 6 de febrero de 2002, cuando un St. Pauli colista venció al Bayern de Múnich por 2–1 en el Millerntor-Stadion. Como el Bayern era entonces el vigente campeón de la Copa Intercontinental, los aficionados acuñaron la célebre palabra compuesta Weltpokalsiegerbesieger —«los que vencieron a los campeones del mundo de clubes»— y la estamparon en camisetas que se vendieron por decenas de miles.
En 2003, al borde de la quiebra, el club fue salvado por una campaña popular de sus aficionados conocida como Retteraktion. La historia tiende a repetirse: en la temporada 2023-24 los Kiezkicker, dirigidos por el técnico Fabian Hürzeler, ganaron la 2. Bundesliga y regresaron a la máxima categoría tras trece años de ausencia. Aunque el conjunto marrón y blanco volvió a descender tras la temporada 2025-26, su popularidad hace tiempo que trascendió Hamburgo, con peñas del St. Pauli activas por todo el mundo.