El FK Vojvodina nació en 1914 en circunstancias poco habituales para un club de fútbol: las autoridades austrohúngaras prohibían entonces las grandes reuniones de jóvenes serbios en la región de Vojvodina, así que un grupo de alumnos de un instituto ortodoxo serbio fundó el club en secreto, dentro de una fábrica textil propiedad de la familia Šijakov. El propio nombre, Vojvodina, honraba las aspiraciones serbias de autonomía dentro de la monarquía de los Habsburgo.
Conocido cariñosamente como "Voša", el club conquistó dos títulos de la Primera Liga yugoslava (1966, 1989) y levantó la Copa de Serbia en dos ocasiones (2014, 2020). La noche europea más recordada llegó en 1998, en las semifinales de la Copa Intertoto: tras caer 0–2 como visitante ante el Bastia francés, el Vojvodina aplastó al rival por 4–0 en la vuelta en Novi Sad para alcanzar la final. De su cantera salió Dušan Tadić, uno de los mejores futbolistas serbios de su generación.
Disputa sus partidos como local en el Estadio Karađorđe, bautizado en honor al líder del levantamiento serbio de principios del siglo XIX.