Vaasan Palloseura zdobyła pierwsze ze swoich dwóch mistrzostw Finlandii w finale niepodobnym do żadnego innego w historii klubu – jednorazowym meczu pucharowym rozegranym w cieniu niedawno zakończonej wojny kontynuacyjnej, przeciwko rywalowi, który już ośmiokrotnie zdobywał tytuł mistrza kraju. Klub, założony 26 września 1924 roku w kawiarni Fischera w Vaasie i znany kibicom jako Vepsu, po raz pierwszy wziął udział w rozgrywkach ligowych w 1930 roku. Jego złota era przypadła na lata 40. XX wieku: wobec wciąż odczuwalnych skutków wojny, mistrzostwo Finlandii w 1945 roku nie zostało wyłonione w regularnym sezonie ligowym, lecz w odrębnym, sześćdziesięcioczterozespołowym turnieju pucharowym, w którym Vaasan Palloseura przebiła się do finału, eliminując po drodze Pietarsaaren Drott, Valkeakosken Haka i Turun Palloseura. Tam, 12 sierpnia 1945 roku na własnym stadionie Hietalahti w Vaasie, zespół pokonał doświadczony Helsingin Palloseura – nazywany „Zielonymi Jegrami” – 2:0, zdobywając pierwszy tytuł mistrzowski, a decydującego rzutu karnego nie zmarnował Olavi Autio, prowadzony przez trenera Birgera Julina.
Drugie mistrzostwo przyszło w 1948 roku, w równie dramatycznych okolicznościach: VPS zakończył sezon z taką samą liczbą punktów co Turun Palloseura, co wymusiło rozegranie decydującego o tytule meczu barażowego, który drużyna z Vaasy wygrała 3:0, wieńcząc tym samym swoją najlepszą dekadę. Utrzymanie sukcesu okazało się jednak trudne i po spadku po sezonie 1977 klub spędził długi okres poza najwyższą ligą, wracając do nowo utworzonej Veikkausliigi dopiero w 1994 roku. VPS dwukrotnie kończył sezon ligowy na drugim miejscu – w 1997 i 1998 roku – i w kolejnych dwóch sezonach zaliczył swoje jedyne występy w europejskich pucharach, odpadając z austriackim Grazer AK w drugiej rundzie kwalifikacyjnej Pucharu UEFA w sezonie 1998/99 oraz ze szkockim St Johnstone w pierwszej rundzie rok później.
Kolejne dekady przyniosły dalsze wahania między najwyższą ligą a drugoligową Ykkönen, w tym powrót do Veikkausliigi w 2006 roku po zajęciu drugiego miejsca pod wodzą trenera Jariego Pyykölä, oraz kolejny awans w 2021 roku po zdobyciu tytułu mistrzowskiego Ykkönen. Vaasan Palloseura wciąż rozgrywa swoje mecze domowe na zmodernizowanym stadionie Hietalahti w Vaasie, obiekcie, którego pojemność po zakończonej w 2016 roku przebudowie przekracza dziś 6000 miejsc – dokładnie tym samym miejscu, w którym klub świętował swój historyczny triumf z 1945 roku.