«Арка» Гдыня обязана своим существованием стремительному росту молодого портового города. Официальной датой основания клуба считается 1929 год, когда в бурно развивающейся Гдыне возник Спортивный клуб Гдыня - первое подобное объединение в городе. Послевоенные слияния нескольких местных клубов, включая Рыбацкий спортивный клуб «МИР», основанный в 1946 году, привели весной 1952 года к принятию названия «Арка», под которым команда выступает и сегодня.
Первый крупный успех пришёл в символичный момент - ровно через семь лет после того, как клуб принял название «Арка», 9 мая 1979 года, гдыньская команда выиграла Кубок Польши, победив в финале «Вислу» из Кракова со счётом 2:1, а гол забил капитан команды Януш Купцевич, легенда клуба, выступавший за него в 1974-1982 годах. Триумф открыл «Арке» дорогу в еврокубки - в сезоне 1979/80 команда сыграла в Кубке обладателей кубков, что остаётся единственным на сегодняшний день выступлением клуба в европейских турнирах. Болельщикам пришлось ждать 38 лет, чтобы увидеть повторение этого успеха. В сезоне 2016/17, только выйдя в Экстраклассу, «Арка» не только сохранила место в лиге, но и во второй раз выиграла Кубок Польши, обыграв в финале познаньский «Лех» со счётом 2:1 в дополнительное время. Год спустя, несмотря на поражение в кубковом финале от варшавской «Легии», гдыньская команда взяла реванш у столичного клуба в матче за Суперкубок Польши, победив по пенальти, а в 2018 году защитила трофей, вновь обыграв «Легию» со счётом 3:2.
История «Арки» также отмечена чередой взлётов и падений в лиге, включая болезненный вылет, связанный с коррупционным скандалом. Тем не менее клуб неоднократно возвращался в высший дивизион, а в 2025 году вышел в Экстраклассу в шестой раз за свою историю. Жёлто-синие проводят домашние матчи на Городском стадионе в Гдыне, а площадь рядом со стадионом сегодня носит имя Януша Купцевича - в честь героя первого большого триумфа клуба.