AF Elbasani es uno de los clubes más jóvenes del fútbol albanés, aunque su historia está estrechamente relacionada con la larga tradición futbolística de la ciudad de Elbasan. El club actual fue fundado en 2021, en el contexto de los problemas financieros y organizativos que afectaron al histórico KF Elbasani. No deben considerarse como el mismo club desde el punto de vista histórico. El fútbol de Elbasan tiene raíces mucho más antiguas: el histórico KF Elbasani fue fundado en 1923 y conquistó dos campeonatos de Albania, en las temporadas 1983/84 y 2005/06. El actual AF Elbasani recoge parte de esa tradición local, pero tiene una historia propia mucho más reciente.
El nuevo equipo tuvo un impacto inmediato en las categorías inferiores. En la temporada 2021/22, AF Elbasani ganó la Kategoria e Tretë, el cuarto nivel del fútbol albanés, y consiguió el ascenso en su primera campaña. Un año después llegó otro paso importante. Elbasani terminó primero del Grupo B de la Kategoria e Dytë y lo hizo sin perder un solo partido, con 18 victorias y cuatro empates. En la final por el título absoluto de la categoría se enfrentó al Vora, pero perdió por 1-2. Por ello, el dato correcto es que AF Elbasani ganó el Grupo B, pero no fue campeón absoluto de la Kategoria e Dytë.
El gran salto llegó en la temporada 2023/24. AF Elbasani conquistó la Kategoria e Parë y consiguió por primera vez el ascenso a la máxima categoría del fútbol albanés. El campeonato quedó asegurado antes de la última jornada y la celebración se produjo en Elbasan Arena, donde el equipo derrotó al Bylis por 3-2 en la última jornada. El ascenso completó una trayectoria excepcional, desde la cuarta categoría hasta la élite en apenas tres temporadas.
En su debut en la Kategoria Superiore, el equipo mostró una notable regularidad. En la temporada 2024/25, AF Elbasani terminó quinto con 50 puntos en 36 partidos. Su balance fue de 11 victorias, 17 empates y ocho derrotas, quedándose justo fuera del grupo de los cuatro primeros.
Los colores tradicionales del club son el amarillo y el azul. Su estadio es Elbasan Arena, uno de los recintos futbolísticos más conocidos de Albania y un escenario estrechamente vinculado con la historia del fútbol de la ciudad. Allí se celebró también el título de Kategoria e Parë conseguido en 2024.
La historia europea de AF Elbasani comenzó en 2026. En la primera ronda de clasificación de la UEFA Conference League, el equipo albanés se enfrentó al BATE Borisov. El primer encuentro, disputado en Elbasan, terminó 1-1. En la vuelta, jugada en Sumqayit, tampoco hubo goles después de 120 minutos. El conjunto bielorruso se impuso finalmente por 5-4 en la tanda de penaltis. AF Elbasani quedó eliminado, pero el enfrentamiento representó su debut en las competiciones europeas y añadió un nuevo capítulo a la corta historia internacional del club.
Entre las figuras del equipo actual destaca Ivan Gvozdenović, entrenador del conjunto durante su campaña europea de 2026. La historia de AF Elbasani es mucho más corta que la tradición futbolística de la ciudad, pero su crecimiento ha sido extraordinario: del cuarto nivel en 2021 a la máxima categoría en solo tres temporadas y, posteriormente, al debut europeo en 2026.