AF Elbasani to jeden z najmłodszych klubów w albańskiej piłce, ale jego historia jest mocno związana z tradycjami futbolu w Elbasanie. Obecny klub został założony w 2021 roku, a jego powstanie było związane z problemami finansowymi i organizacyjnymi starszego KF Elbasani. Nie należy jednak utożsamiać obu zespołów jako tego samego klubu. Tradycja piłkarska Elbasanu sięga lat 20. XX wieku, a historyczny KF Elbasani był klubem założonym w 1923 roku i zdobył dwa mistrzostwa Albanii – w sezonach 1983/84 i 2005/06. To właśnie do tego dziedzictwa nawiązuje współczesny AF Elbasani.
Nowy klub od początku rozwijał się bardzo szybko. W sezonie 2021/22 AF Elbasani wygrał Kategoria e Tretë, czyli czwarty poziom rozgrywek, zapewniając sobie awans już w pierwszym sezonie działalności. Rok później zespół zwyciężył w grupie B Kategoria e Dytë. W całym sezonie grupowym nie poniósł porażki, odnosząc 18 zwycięstw i notując cztery remisy. W finale o mistrzostwo całej Kategoria e Dytë przegrał jednak z Vorą 1:2, dlatego nie można przypisywać mu tytułu mistrza tej klasy rozgrywkowej.
Najważniejszym momentem pierwszych lat była kampania 2023/24. AF Elbasani został mistrzem Kategoria e Parë i po raz pierwszy awansował do albańskiej ekstraklasy. Tytuł został przypieczętowany przed ostatnią kolejką, a sezon zakończył się zwycięstwem 3:2 nad Bylisem na Elbasan Arena. Był to trzeci kolejny awans klubu od momentu rozpoczęcia rywalizacji w seniorskiej piłce.
W debiutanckim sezonie w Kategoria Superiore zespół zaprezentował się solidnie. W rozgrywkach 2024/25 zajął piąte miejsce, zdobywając 50 punktów w 36 meczach. Bilans obejmował 11 zwycięstw, 17 remisów i osiem porażek. Taki wynik pozwolił zakończyć sezon tuż za czołową czwórką ligi.
Barwy AF Elbasani to żółty i niebieski, a domowym stadionem pozostaje Elbasan Arena. Obiekt jest jednym z najważniejszych stadionów piłkarskich Albanii i od dziesięcioleci związany jest z futbolem w Elbasanie. Właśnie na tym stadionie klub świętował mistrzostwo Kategoria e Parë w 2024 roku.
Europejska historia AF Elbasani rozpoczęła się dopiero w 2026 roku. W pierwszej rundzie kwalifikacyjnej Ligi Konferencji UEFA zespół trafił na BATE Borysów. Pierwszy mecz w Elbasanie zakończył się remisem 1:1, a rewanż w Sumgajit nie przyniósł bramek także po dogrywce. O awansie zdecydowały rzuty karne, w których BATE zwyciężyło 5:4. AF Elbasani nie przeszedł więc pierwszej rundy, ale dwumecz z doświadczonym rywalem z Białorusi był pierwszym występem klubu w europejskich pucharach.
Wśród postaci związanych z obecnym zespołem wyróżnia się Ivan Gvozdenović, który w 2026 roku prowadził drużynę w europejskich rozgrywkach. Serbski szkoleniowiec pracował z zespołem również w sezonie 2025/26. Historia AF Elbasani jest więc znacznie krótsza od historii futbolu w samym Elbasanie, ale tempo rozwoju klubu było wyjątkowe: od czwartego poziomu w 2021 roku do albańskiej ekstraklasy w zaledwie trzy sezony, a następnie do debiutu w europejskich pucharach w 2026 roku.