St Joseph's FC ocupa un lugar singular en la historia del fútbol de Gibraltar como el club de fútbol existente más antiguo del territorio. Fue fundado en 1912 y el primer partido del club documentado tuvo lugar el 12 de abril de 1913 contra Rovers FC, en la Junior League. En aquel mismo periodo, St Joseph's también alcanzó la final de la primera edición de la Junior Cup. Su identidad local ha sobrevivido a los diferentes cambios en la organización del fútbol gibraltareño y al desarrollo de una estructura nacional de competiciones.
El mayor éxito liguero de la historia de St Joseph's FC llegó en la temporada 1995/96, cuando conquistó el campeonato de Gibraltar. Sigue siendo el único título de liga del club, pero formó parte de una campaña excepcional. Bajo la dirección de Gonzalo Aguilera, St Joseph's también ganó la Rock Cup, completando el doblete nacional. El campeonato continúa siendo uno de los grandes hitos de la historia de la entidad y distingue a St Joseph's de muchos de los equipos que han competido por los principales trofeos del territorio.
El balance del club en la Rock Cup es mucho más destacado. St Joseph's ha ganado la competición once veces, en 1956, 1979, 1983, 1984, 1985, 1987, 1992, 1996, 2012, 2013 y 2025. El periodo iniciado en 2012 fue especialmente importante, ya que el club puso fin a una larga espera para volver a conquistar la copa y consiguió defender el título en 2013. La victoria de 2025 añadió otro capítulo a esta tradición y confirmó a St Joseph's como uno de los clubes más laureados de la principal competición copera de Gibraltar. El club también ganó la Pepe Reyes Cup en 2013, imponiéndose en la primera edición del torneo.
La entrada de Gibraltar en la UEFA abrió un nuevo capítulo para St Joseph's. El club debutó en competiciones europeas en la temporada 2017/18, enfrentándose al AEL Limassol de Chipre en la primera ronda de clasificación de la Liga Europa. La eliminatoria terminó con una amplia derrota global, pero la participación supuso un importante acontecimiento para la entidad. Un año después, St Joseph's regresó a la fase de clasificación de la Liga Europa, esta vez contra el islandés B36 Tórshavn. Ambos encuentros terminaron 1-1 y la eliminatoria se decidió en los penaltis, con el conjunto islandés logrando la clasificación.
La campaña europea más recordada llegó en la Liga Europa 2019/20. St Joseph's eliminó al Prishtina de Kosovo en la ronda preliminar, avanzando después de una tanda de penaltis tras dos empates. La victoria permitió al club disputar la primera ronda de clasificación, donde se enfrentó al histórico Rangers FC de Escocia. El conjunto escocés ganó la eliminatoria, pero los dos encuentros contra uno de los clubes más conocidos de Gran Bretaña constituyeron uno de los episodios más destacados de la historia europea de St Joseph's.
La etapa posterior a la incorporación de Gibraltar a la UEFA también estuvo marcada por algunas dificultades. En la temporada 2013/14, St Joseph's evitó el descenso gracias a una victoria en el play-off. Posteriormente, el club consiguió consolidarse entre los equipos de la parte alta, logrando con regularidad buenas posiciones en la clasificación y plazas en las competiciones europeas. Esta evolución convirtió a St Joseph's en uno de los clubes consolidados de la era UEFA en Gibraltar.
Los colores tradicionales de St Joseph's FC son el azul y el blanco, presentes también en la identidad visual del club y en su apodo, los Saints. Sus partidos como local se disputan en el Victoria Stadium, situado en la zona norte de Gibraltar, al pie del Peñón y cerca del aeropuerto. El estadio también acoge los partidos de la selección de Gibraltar y otras actividades deportivas.
La historia moderna del club continúa incluyendo participaciones regulares en las rondas de clasificación de la UEFA. St Joseph's FC ha combinado más de un siglo de tradición local con un palmarés que incluye un campeonato de liga, once Rock Cups y victorias europeas ante equipos extranjeros. Para un club procedente de una comunidad futbolística pequeña, esta combinación de longevidad, títulos nacionales y experiencia internacional convierte a St Joseph's en una de las instituciones fundamentales del patrimonio futbolístico de Gibraltar.