«Сент-Джозефс» занимает особое место в истории футбола Гибралтара как старейший из ныне существующих футбольных клубов территории. Он был основан в 1912 году, а первый документально подтверждённый матч состоялся 12 апреля 1913 года против «Роверс» в рамках юниорской лиги. В тот же период «Сент-Джозефс» вышел в финал первого розыгрыша юниорского кубка. Местная идентичность клуба сохранилась несмотря на последующие изменения в организации футбола Гибралтара и развитие национальной системы соревнований.
Главный успех клуба в чемпионате Гибралтара пришёлся на сезон 1995/96, когда «Сент-Джозефс» впервые и пока единственный раз стал чемпионом. Этот титул был частью исключительно успешного сезона. Под руководством Гонсало Агильеры команда также выиграла Кубок Рока, оформив национальный дубль. Чемпионство остаётся одним из главных достижений в истории клуба и выделяет «Сент-Джозефс» среди команд, на протяжении десятилетий претендовавших на главные трофеи Гибралтара.
Гораздо более богатой является история клуба в Кубке Рока. «Сент-Джозефс» выиграл этот турнир одиннадцать раз — в 1956, 1979, 1983, 1984, 1985, 1987, 1992, 1996, 2012, 2013 и 2025 годах. Особенно важным стал период после 2012 года, когда команда прервала длительное ожидание нового кубкового успеха, а затем защитила титул в 2013 году. Победа в 2025 году стала ещё одной важной страницей истории клуба и подтвердила его статус одного из самых успешных участников главного кубкового турнира Гибралтара. В 2013 году клуб также выиграл Кубок Пепе Рейеса, став победителем первого розыгрыша этого турнира.
Вступление Гибралтара в УЕФА открыло для «Сент-Джозефс» новую страницу. Клуб дебютировал в еврокубках в сезоне 2017/18, встретившись с кипрским «АЕЛ Лимасол» в первом квалификационном раунде Лиги Европы. По сумме двух матчей гибралтарская команда потерпела крупное поражение, однако сам выход в еврокубки стал важным событием. Год спустя «Сент-Джозефс» вновь участвовал в квалификации Лиги Европы, на этот раз против исландского «Брейдаблика»?
Наиболее памятной европейской кампанией стала Лига Европы сезона 2019/20. «Сент-Джозефс» прошёл косовский «Приштина» в предварительном раунде после серии пенальти, последовавшей за двумя ничейными матчами. Благодаря этому успеху клуб вышел в первый квалификационный раунд, где встретился с известным шотландским «Рейнджерс». Шотландская команда выиграла противостояние, однако матчи с одним из самых известных клубов Великобритании стали одним из главных эпизодов европейской истории «Сент-Джозефс».
Период после вступления Гибралтара в УЕФА не был полностью безоблачным. В сезоне 2013/14 «Сент-Джозефс» избежал вылета только благодаря победе в стыковом матче. Впоследствии команда закрепилась среди ведущих клубов, регулярно занимая высокие места в чемпионате и получая путёвки в европейские турниры. Это превращение сделало «Сент-Джозефс» одним из устойчивых представителей эпохи гибралтарского футбола в УЕФА.
Традиционные цвета «Сент-Джозефс» — синий и белый, что отражено в клубной символике и прозвище «Святые». Домашние матчи команда проводит на стадионе «Виктория», расположенном в северной части Гибралтара у подножия Скалы и рядом с аэропортом. Арена также используется сборной Гибралтара и для других спортивных мероприятий.
Современная история клуба продолжает включать регулярные выступления в квалификационных раундах УЕФА. «Сент-Джозефс» сумел объединить более чем вековую местную традицию с достижениями, включающими одно чемпионство, одиннадцать Кубков Рока и победы над зарубежными соперниками в еврокубках. Для клуба из небольшой футбольной среды сочетание долголетия, национальных трофеев и международного опыта делает «Сент-Джозефс» одной из важнейших частей футбольного наследия Гибралтара.