St Joseph's FC zajmuje wyjątkowe miejsce w historii gibraltarskiego futbolu jako najstarszy istniejący klub piłkarski na Gibraltarze. Został założony w 1912 roku, a pierwsze udokumentowane spotkanie zespołu odbyło się 12 kwietnia 1913 roku przeciwko Rovers FC w rozgrywkach Junior League. W tym samym okresie St Joseph's dotarł również do finału pierwszej edycji Junior Cup. Klub od początku był związany z lokalnym środowiskiem piłkarskim, a jego tradycja przetrwała kolejne zmiany organizacyjne i rozwój krajowych rozgrywek.
Największym krajowym sukcesem w historii St Joseph's FC pozostaje mistrzostwo Gibraltaru zdobyte w sezonie 1995/96. Był to jedyny jak dotąd tytuł ligowy klubu, ale jednocześnie wyjątkowy sezon, ponieważ drużyna prowadzona przez Gonzalo Aguilerę zdobyła również Rock Cup, kompletując krajowy dublet. Triumf w lidze pozostaje jednym z najważniejszych osiągnięć w historii klubu i wyróżnia St Joseph's spośród zespołów, które przez dziesięciolecia rywalizowały o najważniejsze trofea na Gibraltarze.
Znacznie bogatsza jest historia klubu w Rock Cup. St Joseph's zdobył to trofeum jedenaście razy, triumfując w latach 1956, 1979, 1983, 1984, 1985, 1987, 1992, 1996, 2012, 2013 i 2025. Szczególnie ważny był okres od 2012 roku, kiedy zespół po długiej przerwie ponownie wygrał krajowy puchar, a następnie obronił trofeum w 2013 roku. Kolejny triumf w 2025 roku potwierdził szczególną pozycję St Joseph's w historii tych rozgrywek. Klub zdobył również Pepe Reyes Cup w 2013 roku, odnosząc zwycięstwo w pierwszej edycji tego trofeum.
Wejście Gibraltaru do struktur UEFA otworzyło przed St Joseph's nowy rozdział. Klub po raz pierwszy wystąpił w europejskich rozgrywkach w sezonie 2017/18, kiedy w pierwszej rundzie kwalifikacyjnej Ligi Europy zmierzył się z cypryjskim AEL Limassol. Dwumecz zakończył się wysoką porażką zespołu z Gibraltaru, ale sam awans do europejskich rozgrywek był ważnym wydarzeniem dla klubu. Rok później St Joseph's ponownie wystąpił w kwalifikacjach Ligi Europy, tym razem przeciwko islandzkiemu B36 Tórshavn. Oba spotkania zakończyły się remisami 1:1, a o awansie zdecydowała seria rzutów karnych, w której lepszy okazał się rywal.
Najbardziej pamiętną europejską kampanią była jednak edycja Ligi Europy 2019/20. St Joseph's wyeliminował w rundzie wstępnej kosowską Prisztinę, odnosząc zwycięstwo po serii rzutów karnych po dwóch remisach. Dzięki temu klub awansował do pierwszej rundy kwalifikacyjnej, gdzie jego przeciwnikiem był słynny szkocki Rangers FC. Dwumecz zakończył się zwycięstwem Rangers, ale sama możliwość rywalizacji z jednym z najbardziej rozpoznawalnych klubów Wielkiej Brytanii była jednym z największych wydarzeń w europejskiej historii St Joseph's.
Po dołączeniu Gibraltaru do UEFA klub początkowo musiał również walczyć o utrzymanie w krajowej elicie. W sezonie 2013/14 uniknął spadku dopiero po zwycięstwie w barażu. Później St Joseph's ustabilizował swoją pozycję w czołówce, regularnie kończąc sezony na wysokich miejscach i kwalifikując się do europejskich rozgrywek. Ta przemiana sprawiła, że klub zaczął być zaliczany do grona najważniejszych zespołów gibraltarskiego futbolu w erze UEFA.
Tradycyjne barwy St Joseph's FC to niebieski i biały, co znalazło odzwierciedlenie również w przydomku „Saints” oraz klubowej identyfikacji. Domowe mecze zespół rozgrywa na Victoria Stadium, położonym w północnej części Gibraltaru, u podnóża Skały i w pobliżu lotniska. Obiekt jest również wykorzystywany przez reprezentację Gibraltaru oraz inne dyscypliny sportowe.
Współczesna historia klubu pozostaje związana z dalszą obecnością na europejskiej arenie. St Joseph's FC regularnie uczestniczy w kwalifikacjach UEFA, a jego droga od najstarszego istniejącego klubu Gibraltaru do zespołu mającego na koncie mistrzostwo, jedenaście Pucharów Gibraltaru i zwycięstwa w europejskich dwumeczach pokazuje skalę przemian tamtejszego futbolu. Mimo że klub nie należy do największych pod względem zasobów, jego ponad stuletnia tradycja i bogata kolekcja krajowych trofeów czynią go jednym z najważniejszych elementów piłkarskiego dziedzictwa Gibraltaru.