El FC Košice es un club cuya historia moderna comenzo apenas en 2018, aunque se remonta a una tradicion futbolistica en la ciudad que se extiende hasta 1903, y que ya ha sobrevivido a un dramatico colapso de su predecesor. El primer club de futbol de la ciudad, entonces el Kassai AC de la era hungara, se fundo en 1903, y tras la Segunda Guerra Mundial, mediante la fusion de tres clubes de Košice, evoluciono hasta convertirse en un equipo conocido posteriormente como VSS Košice, y desde los anos 90 como 1. FC Košice.
Fue este club historico el que escribio los capitulos mas importantes del futbol de Košice. En 1971, tras una victoria en casa por 2-1 y un empate sin goles en Moscu, el VSS Košice se convirtio en el primer equipo eslovaco en alcanzar la fase de grupos de la Copa de Europa, eliminando al Spartak de Moscu por el camino. El club gano aun mayor reconocimiento en la temporada 1997/98, cuando, como 1. FC Košice y flamante campeon de una Eslovaquia ya independiente, debuto en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA, la primera vez para el pais. Sin embargo, la campana termino de forma dolorosa, ya que el equipo perdio los seis partidos de grupo, quedando registrado para siempre en los anales de la competicion como el primer club en terminar la fase de grupos de la Liga de Campeones sin sumar un solo punto. A lo largo de su historia, el club gano dos veces el campeonato esloveno y cinco veces la copa nacional.
Los problemas financieros llevaron finalmente a que el club, entonces con el nombre de FC VSS Košice, cesara sus operaciones el 27 de julio de 2017. Menos de un ano despues, el 12 de mayo de 2018, surgio una nueva entidad mediante la fusion con el equipo amateur local FK Košice-Barca: el actual FC Košice, que continua el legado deportivo y los colores amarillo y azul de la ciudad, aunque no es el sucesor legal directo de sus predecesores. Tras rapidos ascensos por las categorias inferiores, el club regreso a la maxima division eslovaca en la temporada 2023/24, en la que sigue compitiendo hoy.