El FC Spartak Trnava se fundó el 30 de mayo de 1923 mediante la fusión de dos clubes locales, el ŠK Čechie y el ČšŠK, dando lugar al TŠS Trnava, y desde entonces juega en el mismo terreno del centro de la ciudad que ocupa hoy en día. Bajo el régimen comunista, el club sufrió una serie de cambios de nombre impuestos, pasando brevemente por Sokol y después por TJ Kovosmalt, vinculado a la industria metalúrgica local, antes de adoptar en 1953 el nombre de Spartak.
La época dorada del club comenzó el 9 de junio de 1968, cuando, ante 20.000 espectadores y bajo la lluvia, el Spartak venció al Jednota Trenčín por 2-0 para ganar su primer campeonato checoslovaco, con Jozef Adamec como máximo goleador de la liga. El entrenador Anton Malatinský, que se marchó a Austria justo después, había construido las bases de un equipo que, bajo su sucesor Ján Hucko, revalidó el título la temporada siguiente y alcanzó las semifinales de la Copa de Europa 1968-69, la mejor actuación histórica de un club eslovaco o checo en la competición. Allí, el Spartak cayó por un global de 3-2 ante el Ajax de Johan Cruyff, después de haber rozado un título continental la temporada anterior, quedando subcampeón de la Copa Mitropa 1967-68 tras el Estrella Roja de Belgrado. Entre 1968 y 1973, el club ganó cinco campeonatos checoslovacos en seis temporadas, una racha que incluyó también cuartos de final de la Copa de Europa en 1973 y 1974, con jugadores como Ladislav Kuna y Karol Dobiaš, este último el único futbolista formado en Trnava en la selección checoslovaca campeona de la Eurocopa de 1976.
Tras la división de Checoslovaquia en 1993, el Spartak siguió siendo un nombre respetado en el fútbol eslovaco, pero tuvo que esperar hasta la temporada 2017-18 para lograr su primer título como campeón de una Eslovaquia independiente, sumando además copas nacionales en 2019, 2022 y 2023 pese a atravesar periodos de inestabilidad financiera y organizativa.
Apodado Bíli anjeli ("Los Ángeles Blancos") pese a vestir de rojo y negro, el Spartak juega en el estadio bautizado en 1998 con el nombre de Malatinský, cuyo legado táctico sigue siendo la base de la identidad del club. Profundamente arraigado en la ciudad de Trnava, no lejos de Bratislava, el Spartak sigue representando a Eslovaquia en competiciones europeas, respaldado por una afición cuya fidelidad ha sobrevivido a los numerosos altibajos del club.