Левадия «ФКИ Левадия Таллинн» был основан в 1998 году в Маарду, а его история связана с клубом «Олимп Маарду». После перехода команды под контроль компании Levadia она получила название «Маарду Левадия». Осенью 1998 года клуб вышел в высший дивизион Эстонии, а уже в следующем сезоне добился первых крупных успехов. В 1999 году «Левадия» выиграла чемпионат Эстонии и Кубок Эстонии. В следующем сезоне команда защитила чемпионский титул, причём первые два сезона в высшем дивизионе завершила без поражений.
В первые годы клуб был связан с Маарду, однако затем его основная команда перебазировалась в Таллинн. В 2004 году первая команда окончательно закрепилась в столице Эстонии, после чего «Левадия» на протяжении многих лет оставалась среди ведущих клубов страны. Одной из ключевых фигур в истории организации стал Виктор Левада, фамилия которого вошла в название и идентичность клуба. В 2017 году «Левадия» объединилась с «ФКИ Таллинн», ранее известным как «Инфонет». С 2018 года команда выступает под названием «ФКИ Левадия».
Основу истории клуба составляют успехи во внутренних соревнованиях. «Левадия» неоднократно выигрывала чемпионат и Кубок Эстонии, став одной из двух главных сил эстонского футбола после восстановления независимости страны. Особенно успешным был период в начале XXI века. В 2004 году под руководством тренера Тармо Рюйтли клуб выиграл чемпионат и Кубок Эстонии. В 2009 году «Левадия» завоевала свой седьмой чемпионский титул и четвёртое чемпионство подряд.
Важное место в истории клуба занимают выступления в европейских квалификациях. В 2007 году «Левадия» была близка к тому, чтобы пройти «Црвену Звезду» из Белграда. После поражения 0:1 в Сербии эстонская команда выиграла ответный матч со счётом 2:1, однако выбыла по действовавшему тогда правилу выездного гола. Один из мячей забил Константин Нахк дальним ударом. Этот двухматчевый противостояние остаётся одним из самых памятных в европейской истории клуба.
Ещё более неожиданного успеха «Левадия» добилась в квалификации Лиги чемпионов 2009 года, когда прошла «Вислу» Краков. Первый матч в Кракове завершился со счётом 1:1, а в ответной встрече в Таллинне поздний гол Владислава Иванова принёс хозяевам победу. В следующем раунде эстонский клуб уступил «Дебрецену», проиграв оба матча со счётом 0:1. В 2006 году «Левадия» также встречалась с «Ньюкасл Юнайтед» в Кубке УЕФА, проиграв 0:1 дома и 1:2 в Англии.
В 2024 году «ФКИ Левадия» провёл один из лучших сезонов в своей истории. Под руководством Курро Торреса клуб выиграл чемпионат Эстонии, Кубок Эстонии и Суперкубок, оформив национальный требл. В 2025 году команда завершила чемпионат на втором месте, уступив «Флоре» Таллинн.
Домашние матчи «ФКИ Левадия» проводит на «А. Ле Кок Арене» в Таллинне — главном футбольном стадионе Эстонии. Клуб сохраняет традиционные зелёно-белые цвета, ставшие важной частью его идентичности. «Левадия» относится к числу наиболее успешных эстонских клубов периода после восстановления независимости и сочетает значительное количество национальных трофеев с многолетним опытом выступлений в европейских квалификациях.
