El FCI Levadia Tallinn fue fundado en 1998 en Maardu y sus orígenes están relacionados con el FK Olümp Maardu. Tras la adquisición del equipo por la empresa Levadia, el club pasó a llamarse Maardu FC Levadia. En otoño de 1998 logró el ascenso a la máxima categoría y, en apenas una temporada, consiguió los primeros grandes éxitos de su historia. En 1999, el Levadia conquistó el campeonato de Estonia y la Copa de Estonia. Al año siguiente revalidó el título de liga, completando sus dos primeras temporadas en la máxima categoría sin derrotas.
Los primeros años del Levadia estuvieron vinculados a Maardu, pero el club trasladó posteriormente su actividad a Tallin. En 2004, el primer equipo quedó establecido formalmente en la capital estonia, iniciando una larga etapa entre los principales clubes del país. Viktor Levada fue una de las figuras fundamentales de la organización y su apellido pasó a formar parte de la identidad del club. En 2017, el Levadia se fusionó con FCI Tallinn, anteriormente conocido como FC Infonet. Desde 2018, el primer equipo compite bajo el nombre FCI Levadia.
Los éxitos nacionales constituyen la base de la historia del Levadia. El club ha conquistado numerosos campeonatos de Estonia y Copas de Estonia, convirtiéndose en una de las dos grandes fuerzas del fútbol del país desde la recuperación de la independencia. El comienzo del siglo XXI fue especialmente exitoso. En 2004, bajo la dirección de Tarmo Rüütli, el Levadia ganó el campeonato y la Copa de Estonia. En 2009 conquistó su séptimo título de liga y el cuarto consecutivo.
Las eliminatorias europeas también ocupan un lugar importante en la historia del club. En 2007, el Levadia estuvo cerca de eliminar al Estrella Roja de Belgrado. Después de perder 1-0 en Serbia, el conjunto estonio ganó 2-1 el partido de vuelta, pero quedó eliminado por la regla del valor doble de los goles fuera de casa, vigente en aquella época. Uno de los goles del Levadia fue marcado por Konstantin Nahk con un potente disparo desde larga distancia. La eliminatoria sigue siendo uno de los enfrentamientos europeos más recordados del club.
Dos años después, en las eliminatorias de la Liga de Campeones de 2009, el Levadia protagonizó una sorpresa todavía mayor al eliminar al Wisła Cracovia. El partido de ida en Cracovia terminó 1-1 y en la vuelta, disputada en Tallin, un gol tardío de Vladislav Ivanov dio la victoria al equipo estonio. En la siguiente ronda, el Levadia fue eliminado por el Debreceni VSC, después de perder ambos partidos por 1-0. En 2006, el club también se había enfrentado al Newcastle United en la Copa de la UEFA, con derrotas por 0-1 en casa y 1-2 como visitante.
En 2024, el FCI Levadia protagonizó una de las mejores temporadas de su historia. Bajo la dirección de Curro Torres, conquistó el campeonato de Estonia, la Copa de Estonia y la Supercopa, completando un triplete nacional. En 2025 terminó segundo en la liga, por detrás del Flora Tallinn.
El FCI Levadia disputa sus partidos como local en el A. Le Coq Arena de Tallin, el principal estadio de fútbol de Estonia. El club mantiene sus tradicionales colores verde y blanco, que forman una parte esencial de su identidad. Levadia es uno de los clubes más exitosos de la era posterior a la independencia de Estonia y combina un amplio palmarés nacional con una larga experiencia en las eliminatorias de las competiciones europeas.