ФК «Дифферданж 03» был образован в 2003 году в результате слияния двух клубов одного и того же промышленного города на юге Люксембурга: основанного в 1907 году «Ред Бойз Дифферданж» и созданного в 1921 году «АС Дифферданж». Название и эмблема со львом нового клуба отсылают к наследию «Ред Бойз», которые в 1920–1930-х годах вместе со «Спорой» Люксембург доминировали в люксембургском футболе, выиграв тринадцать трофеев за тринадцать лет с 1923 по 1936 год, а к моменту слияния оставались абсолютным рекордсменом по числу побед в Кубке Люксембурга.
После объединения новый клуб унаследовал более низкую лигу «Ред Бойз», но уже в сезоне 2005/06, когда лигу расширили, вернулся в высший дивизион. С 2006 года клуб возглавляет президент Фабрицио Беи, чья многолетняя работа считается основой спортивного роста «Дифферданж». Команда выступает в красно-белых цветах, домашние матчи проводит на Городском стадионе Дифферданж (Stade Municipal de la Ville de Differdange), открытом в 2012 году.
Самая громкая европейская глава в истории клуба была написана в сезоне 2011/12 Лиги Европы. «Дифферданж» выбил из розыгрыша эстонскую «Левадию» из Таллина, а хотя в следующем раунде уступил греческому «Олимпиакосу» из Волоса с общим счётом 0:6, всё же прошёл дальше: УЕФА отстранил греческий клуб от участия в турнире из-за скандала с договорными матчами и передал место в раунде плей-офф именно люксембуржцам. Там соперником «Дифферданж» стал «Пари Сен-Жермен» — ни один другой клуб Люксембурга никогда не заходил так далеко в еврокубках.
Внутри страны клуб уже много лет входит в число сильнейших: в сезонах 2023/24 и 2024/25 «Дифферданж» дважды подряд выигрывал чемпионат Люксембурга, а победа в лиге и кубке в 2025 году стала первым дублем клуба со времён «Ред Бойз» в сезоне 1978/79. Помимо этого клуб побеждал в Кубке Люксембурга в 2010, 2011, 2014, 2015 и 2023 годах, закрепив за собой статус одного из самых титулованных клубов современного люксембургского футбола.