«Валлетта» — один из главных клубов в истории мальтийского футбола, тесно связанный со столицей страны. Современный клуб был создан в 1943 году в результате объединения «Валлетта Сент-Полс» и «Валлетта Престонс». Кроме того, он унаследовал традиции «Валлетта Юнайтед», который дважды становился чемпионом Мальты до Второй мировой войны. Поэтому клуб включает чемпионства «Валлетта Юнайтед» в сезонах 1914/15 и 1931/32 в собственную историческую статистику. Согласно этому подходу, «Валлетта» официально насчитывает 25 чемпионств Мальты.
Первые годы после основания клуба были отмечены быстрыми успехами. В сезоне 1943/44, когда регулярный чемпионат ещё не был восстановлен после войны, «Валлетта» выиграла Кубок Мальты, победив в финале «Флориану» со счётом 2:1. В следующих четырёх сезонах команда трижды становилась чемпионом Мальты — в 1944/45, 1945/46 и 1947/48. Затем последовал более сложный период, однако в конце 1950-х годов «Валлетта» вновь вернулась в число лидеров и выиграла чемпионат в сезоне 1958/59.
Особое значение для истории клуба имели 1970-е и 1990-е годы, а также первые годы XXI века. «Валлетта» продолжала завоёвывать чемпионские титулы при разных поколениях игроков, а период с 1996 по 2001 год стал одним из наиболее успешных в истории команды. В сезоне 2000/01 клуб выиграл чемпионат и Кубок ФА, а также несколько других национальных трофеев. В официальном послужном списке «Валлетты» значатся 25 чемпионств Мальты, 15 побед в Кубке ФА и рекордные 13 Суперкубков Мальты. Последний чемпионский титул клуб завоевал в сезоне 2018/19.
Одной из отличительных особенностей истории «Валлетты» является продолжительное участие в европейских турнирах. Клуб дебютировал в Кубке европейских чемпионов в сезоне 1963/64 и с тех пор регулярно представлял Мальту на международной арене. По данным Мальтийской футбольной ассоциации, «Валлетта» — единственный мальтийский клуб, сыгравший более 100 матчей в европейских турнирах, а также единственный представитель страны, которому восемь раз удавалось пройти в следующий раунд.
Одним из наиболее памятных ранних европейских матчей стало противостояние с «ХИК Хельсинки» в первом раунде Кубка европейских чемпионов сезона 1974/75. «Валлетта» выиграла домашнюю встречу со счётом 1:0, одержав одну из наиболее значимых европейских побед в ранней истории клуба. В XXI веке команда добилась ещё более крупного результата. В первом квалификационном раунде Лиги чемпионов сезона 2012/13 «Валлетта» разгромила чемпиона Андорры «Лузитанc» со счётом 8:0 дома, а в ответном матче победила 1:0. Итоговый счёт 9:0 остаётся крупнейшей победой мальтийского клуба в европейских соревнованиях.
Особое место в истории «Валлетты» занимает Гилберт Аджиус. Многолетний капитан и воспитанник клуба провёл за команду 623 официальных матча и забил 244 гола, установив клубные рекорды по обоим показателям. На протяжении более двух десятилетий он оставался одним из наиболее узнаваемых футболистов Мальты и одной из главных фигур современной истории столичного клуба.
Традиционные цвета «Валлетты» — белый и красный, хотя команда особенно известна своими белыми футболками и прозвищем «Лиливайтс». Ещё одно историческое прозвище — «Ситизенс», подчёркивающее связь клуба со столицей. Важнейшие домашние матчи команда проводит на Национальном стадионе в Та-Кали — главной футбольной арене Мальты и домашнем стадионе национальной сборной.
История клуба включает и сложные периоды. В сезоне 2024/25 «Валлетта» выиграла Челлендж-лигу, второй дивизион мальтийского футбола, и вернулась в Премьер-лигу. Возвращение в высший дивизион сопровождалось ещё одним кубковым успехом. В мае 2026 года «Валлетта» победила «Гзиру Юнайтед» со счётом 2:1 в финале Кубка ФА и завоевала этот трофей в 15-й раз. Победа подтвердила сохраняющееся значение клуба в мальтийском футболе и обеспечила ему очередное участие в квалификации еврокубков. Благодаря многолетней традиции, 25 официально признаваемым чемпионствам, богатому национальному послужному списку и одному из лучших европейских показателей среди мальтийских клубов «Валлетта» остаётся одним из центральных футбольных институтов Мальты.