Valletta FC es uno de los clubes fundamentales de la historia del fútbol maltés y su trayectoria está estrechamente vinculada a la capital del país. El club moderno fue creado en 1943 mediante la fusión de Valletta St Paul's y Valletta Prestons. También heredó la tradición de Valletta United, que había conquistado dos campeonatos malteses antes de la Segunda Guerra Mundial. Por este motivo, el club reconoce los títulos de Valletta United de 1914/15 y 1931/32 como parte de su propio historial. De acuerdo con este criterio, Valletta FC contabiliza oficialmente 25 campeonatos de Malta.
Los primeros años después de su fundación estuvieron marcados por éxitos rápidos. En la temporada 1943/44, cuando todavía no se había recuperado el campeonato de liga regular tras la guerra, Valletta ganó la Malta Cup, derrotando a Floriana FC por 2-1 en la final. En las cuatro temporadas siguientes, el club conquistó tres campeonatos de Malta, en 1944/45, 1945/46 y 1947/48. Después llegó una etapa más complicada, pero Valletta regresó a la élite del fútbol nacional a finales de los años 50 y volvió a ser campeón en 1958/59.
Las décadas de 1970 y 1990, así como los primeros años del siglo XXI, fueron especialmente importantes para la historia del club. Valletta continuó sumando campeonatos a través de diferentes generaciones, mientras que el periodo entre 1996 y 2001 fue uno de los más dominantes de su trayectoria. En 2000/01, el club ganó la liga y la FA Trophy, además de varios otros trofeos nacionales. El palmarés oficial de Valletta incluye actualmente 25 títulos de liga maltesa, 15 FA Trophy y un récord de 13 Supercopas de Malta. El último campeonato liguero llegó en la temporada 2018/19.
Una de las características más destacadas de la historia de Valletta es su continuidad en las competiciones europeas. El club debutó en la Copa de Europa en la temporada 1963/64 y desde entonces ha representado regularmente a Malta en torneos continentales. Según la Asociación de Fútbol de Malta, Valletta es el único club maltés que ha disputado más de 100 partidos en competiciones europeas y también el único equipo del país que ha conseguido avanzar a la siguiente ronda en ocho ocasiones.
Uno de los primeros resultados europeos más recordados del club llegó frente al HJK Helsinki en la primera ronda de la Copa de Europa 1974/75. Valletta ganó el partido de ida como local por 1-0, logrando una de las victorias europeas más importantes de su primera etapa internacional. En el siglo XXI, el club consiguió un resultado todavía más contundente. En la primera ronda de clasificación de la Liga de Campeones 2012/13, derrotó al campeón de Andorra, FC Lusitans, por 8-0 en casa y posteriormente ganó el partido de vuelta por 1-0. El resultado global de 9-0 sigue siendo la mayor victoria de un club maltés en una competición europea.
Una figura especialmente importante en la historia nacional y europea de Valletta FC es Gilbert Agius. El histórico capitán y jugador formado en el club disputó 623 partidos oficiales con Valletta y marcó 244 goles, récords de la entidad en ambas categorías. Durante más de dos décadas se convirtió en uno de los futbolistas más reconocibles del fútbol maltés y en uno de los grandes símbolos de la etapa moderna del club capitalino.
Los colores tradicionales de Valletta son el blanco y el rojo, aunque el club está especialmente asociado con sus camisetas blancas y el apodo Lilywhites. Otro sobrenombre histórico es Citizens, que refleja su relación con la población de la capital. Los partidos como local de mayor importancia se disputan en el National Stadium de Ta' Qali, el principal estadio de fútbol de Malta y sede habitual de la selección nacional.
La historia del club también ha incluido etapas difíciles. En la temporada 2024/25, Valletta ganó la Challenge League, la segunda categoría del fútbol maltés, y regresó a la Premier League. El retorno a la máxima categoría estuvo acompañado por otro éxito copero. En mayo de 2026, Valletta derrotó a Gżira United por 2-1 en la final de la FA Trophy y conquistó el torneo por decimoquinta vez. El triunfo confirmó la vigencia del club entre los principales equipos de Malta y le permitió obtener una nueva plaza en la clasificación europea. Con una larga tradición, 25 campeonatos reconocidos oficialmente, un amplio palmarés nacional y uno de los historiales europeos más destacados entre los clubes malteses, Valletta FC continúa siendo una de las instituciones centrales del fútbol de Malta.