Valletta FC należy do najważniejszych klubów w historii maltańskiego futbolu, a jego dzieje są ściśle związane ze stolicą kraju. Współczesny klub powstał w 1943 roku w wyniku połączenia Valletta St Paul's i Valletta Prestons. W swojej historii przejął również tradycję Valletta United, dwukrotnego mistrza Malty sprzed II wojny światowej. Z tego powodu klub uznaje mistrzostwa zdobyte przez Valletta United w sezonach 1914/15 i 1931/32 za część własnego dorobku. Oficjalny bilans Valletta FC obejmuje dzięki temu 25 mistrzostw Malty.
Pierwsze lata po powstaniu klubu przyniosły bardzo szybkie sukcesy. W sezonie 1943/44, kiedy po wojnie nie rozegrano jeszcze regularnych rozgrywek ligowych, Valletta zdobyła Malta Cup, pokonując w finale Floriana FC 2:1. W kolejnych czterech sezonach klub trzykrotnie został mistrzem Malty – w 1944/45, 1945/46 i 1947/48. Później przyszły trudniejsze lata, ale Valletta wróciła do krajowej czołówki pod koniec lat 50. i ponownie sięgnęła po mistrzostwo w sezonie 1958/59.
Szczególnie ważne dla historii klubu były lata 70., 90. i pierwsza dekada XXI wieku. Valletta zdobywała mistrzostwa w kolejnych pokoleniach, a okres od 1996 do 2001 roku należał do najbardziej dominujących w jej dziejach. W sezonie 2000/01 klub zdobył mistrzostwo i FA Trophy, a także szereg innych krajowych trofeów. Łącznie Valletta ma 25 mistrzostw Malty, 15 zwycięstw w FA Trophy oraz rekordowe 13 Superpucharów Malty. Ostatnie mistrzostwo kraju klub zdobył w sezonie 2018/19.
Jednym z najbardziej charakterystycznych elementów historii Valletty jest jej długowieczność w europejskich rozgrywkach. Klub po raz pierwszy wystąpił w Pucharze Europy w sezonie 1963/64, a przez kolejne dekady regularnie reprezentował Maltę w europejskich pucharach. Według danych Maltańskiego Związku Piłki Nożnej Valletta jako jedyny maltański klub przekroczyła granicę 100 meczów w europejskich rozgrywkach i jako jedyna z klubów Malty aż osiem razy awansowała do kolejnej rundy europejskiego turnieju.
Do najbardziej pamiętnych występów należy dwumecz z HJK Helsinki w pierwszej rundzie Pucharu Europy w sezonie 1974/75. Valletta wygrała pierwszy mecz u siebie 1:0, odnosząc jedno z najważniejszych zwycięstw w swojej wczesnej historii europejskiej. W XXI wieku klub zapisał się w historii jeszcze wyraźniej. W pierwszej rundzie kwalifikacji Ligi Mistrzów 2012/13 Valletta pokonała FC Lusitans z Andory aż 8:0 u siebie, a następnie wygrała na wyjeździe 1:0. Łączny wynik 9:0 pozostaje najwyższym zwycięstwem maltańskiego klubu w europejskich rozgrywkach.
W europejskiej historii Valletta FC szczególne miejsce zajmuje także Gilbert Agius. Wieloletni kapitan i wychowanek klubu rozegrał dla Valletty 623 oficjalne mecze i zdobył 244 bramki, ustanawiając klubowe rekordy występów i goli. Przez ponad dwie dekady był jednym z najbardziej rozpoznawalnych piłkarzy maltańskiej piłki, a jego nazwisko stało się jednym z symboli współczesnej historii stołecznego klubu.
Tradycyjne barwy Valletty to biały i czerwony, choć zespół jest szczególnie kojarzony z białymi strojami i przydomkiem Lilywhites. Klub ma również przydomek Citizens, podkreślający jego związek z mieszkańcami stolicy. Mecze o najwyższą stawkę Valletta rozgrywa na National Stadium w Ta' Qali, który jest głównym stadionem piłkarskim Malty i areną spotkań reprezentacji kraju.
Historia klubu nie jest jednak pozbawiona trudniejszych okresów. W sezonie 2024/25 Valletta wygrała Challenge League, drugą klasę rozgrywkową, i wróciła do maltańskiej Premier League. Powrót do elity zbiegł się z kolejnym sukcesem pucharowym. W maju 2026 roku Valletta pokonała Gżira United 2:1 w finale FA Trophy, zdobywając po raz 15. to trofeum. Ten triumf przypomniał o pozycji klubu w krajowym futbolu i jednocześnie zapewnił mu kolejny występ w europejskich kwalifikacjach. Dzięki połączeniu długiej tradycji, 25 uznawanych przez klub mistrzostw, licznych pucharów oraz jednego z najbogatszych dorobków europejskich wśród maltańskich zespołów Valletta FC pozostaje jedną z najważniejszych instytucji piłkarskich Malty.