La historia centenaria del HNK Rijeka refleja las turbulencias vividas por su propia ciudad. Fundado en 1906 como Club Sportivo Olimpia, el club cambió de nombre con cada cambio de poder sobre Rijeka: pasó a llamarse US Fiumana en 1926 bajo la presión del régimen fascista italiano, y en 1946, ya bajo la administración militar yugoslava, SD Kvarner, hasta adoptar finalmente el nombre de NK Rijeka tras la incorporación formal de la ciudad a Yugoslavia. Desde 1992, cuando se creó la liga croata independiente, el club es uno de solo cuatro que nunca han descendido de ella.
El momento decisivo de la historia moderna del club llegó en la temporada 2016/17, cuando el equipo dirigido por Matjaž Kek conquistó de forma sensacional su primer doblete —liga y Copa de Croacia—, poniendo fin a once años de dominio del Dinamo de Zagreb. Rijeka repitió la hazaña en la temporada 2024/25.
En el verano de 2025 el club se unió a la red global de Black Knight Football Club, propiedad del multimillonario estadounidense Bill Foley, cuyo portafolio incluye también al Bournemouth inglés. El equipo disputa sus partidos en el Stadion Rujevica.