El Hajduk Split no fue fundado en Croacia, sino en Praga, el 13 de febrero de 1911, cuando un grupo de estudiantes de Split que residían allí —entre ellos Fabijan Kaliterna, Vjekoslav Ivanišević, Lucijan Stella e Ivan Šakić— decidió, tras presenciar un partido entre el Sparta y el Slavia, fundar un club en su ciudad natal. Su profesor Josip Barač propuso el nombre de Hajduk, en referencia a los rebeldes que resistieron el dominio otomano en los Balcanes. Desde entonces el equipo viste camiseta blanca y pantalón azul, de ahí su apodo, Bili (los Blancos).
En la era del fútbol yugoslavo, el Hajduk formaba parte de los llamados cuatro grandes, junto al Dinamo de Zagreb, el Estrella Roja y el Partizan, y ganó nueve campeonatos yugoslavos y nueve Copas de Yugoslavia, la mayoría durante una época dorada en los años setenta bajo el técnico Tomislav Ivić. En el plano europeo, sus mayores logros siguen siendo tres cuartos de final de la Copa de Europa —en 1975-76, 1979-80 y 1994-95—, además de una semifinal de la Recopa en 1972-73 y una semifinal de la Copa de la UEFA en 1983-84, cuando el club estuvo muy cerca de disputar una final continental.
Desde la independencia de Croacia, el Hajduk ha ganado seis títulos de liga croatas, todos entre 1992 y 2005, y varias Copas de Croacia, la última en 2013; desde entonces no ha vuelto a sumar un título de liga, lo que ha dado un matiz aún más intenso a su histórica rivalidad con el Dinamo de Zagreb, conocida como el Derbi Eterno.
Lo que realmente distingue al Hajduk, sin embargo, es su relación con su afición. Torcida, fundada en Split el 28 de octubre de 1950 y bautizada en honor a los aficionados brasileños de aquel Mundial, está considerada como el grupo organizado de hinchas más antiguo de Europa. Desde 2008 el Hajduk opera como sociedad anónima: la ciudad de Split conserva la mayoría de las acciones, pero la asociación de socios Naš Hajduk ha ido comprando participaciones en nombre de la afición y hoy controla en torno a un tercio del club, bajo el lema «Hajduk je naš» —«el Hajduk es nuestro»—. Junto a la pasión que se vive en el estadio Poljud, esta identidad profundamente arraigada en la comunidad convierte al Hajduk en uno de los clubes más singulares del fútbol europeo, incluso en las temporadas sin títulos.