HNK Rijeka to klub, którego stuletnia historia odzwierciedla burzliwe dzieje samego miasta. Założony w 1906 roku jako Club Sportivo Olimpia, zmieniał nazwę wraz z każdą zmianą władzy nad Rijeką: na US Fiumana w 1926 roku pod naciskiem włoskiego reżimu faszystowskiego, a w 1946 roku, już pod jugosłowiańską administracją wojskową, na SD Kvarner, by ostatecznie – po formalnym włączeniu miasta do Jugosławii – przyjąć nazwę NK Rijeka. Od 1992 roku, gdy powstała niepodległa liga chorwacka, klub jest jednym z zaledwie czterech, które nigdy z niej nie spadły.
Przełomowym momentem nowożytnej historii klubu okazał się sezon 2016/2017, gdy drużyna pod wodzą Matjaža Keka sensacyjnie zdobyła swój pierwszy dublet – mistrzostwo i Puchar Chorwacji – przerywając jedenastoletnią dominację Dinama Zagrzeb. Wyczyn ten Rijeka powtórzyła w sezonie 2024/2025.
Latem 2025 roku klub dołączył do globalnej sieci Black Knight Football Club, należącej do amerykańskiego miliardera Billa Foleya, właściciela m.in. angielskiego Bournemouth. Drużyna rozgrywa mecze na Stadionie Rujevica.