Tobol de Kostanay es uno de los clubes más conocidos y exitosos del fútbol kazajo. Su historia se remonta a 1967, cuando el equipo comenzó a participar en las competiciones del fútbol soviético. Durante las décadas siguientes jugó bajo diferentes nombres, entre ellos Avtomobilist, Burevestnik, Energetik, Kustanayets y Khimik. El nombre Tobol se utiliza desde 1995.
Uno de los periodos más importantes de la historia del club llegó a comienzos del siglo XXI. Tobol se convirtió regularmente en uno de los equipos de la parte alta de la liga kazaja y fue subcampeón en 2003, 2005, 2007 y 2008. El primer campeonato nacional llegó en 2010. Dirigido por Ravil Sabitov, el equipo de Kostanay conquistó por primera vez el título de campeón de Kazajistán. El segundo campeonato llegó en 2021, consolidando a Tobol entre los principales clubes del país.
La temporada 2007 ocupa un lugar especial en la historia de Tobol. El club de Kostanay ganó por primera vez la Copa de Kazajistán al derrotar al Ordabasy Shymkent en la final. Su campaña en la Copa Intertoto de la UEFA fue todavía más destacada. Tobol comenzó el torneo con una victoria por 3-0 sobre Zestafoni, antes de eliminar al Slovan Liberec gracias a un triunfo por 2-0 en el partido de vuelta disputado en la República Checa. En la tercera ronda, el conjunto kazajo derrotó al griego OFI Creta por 1-0 en ambos encuentros y alcanzó la segunda ronda de clasificación de la Copa de la UEFA. La UEFA incluyó a Tobol entre los once ganadores de la Copa Intertoto de 2007.
La campaña europea de 2007 sigue siendo el mayor logro internacional del club. Destaca especialmente la victoria a domicilio por 2-0 contra el Slovan Liberec, así como la eliminatoria frente al OFI, en la que Tobol mantuvo su portería a cero en los dos partidos. En la siguiente ronda de la Copa de la UEFA, sin embargo, el equipo no pudo avanzar y perdió por 1-0 y 2-0 ante el Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski.
Una de las figuras más importantes de la historia de Tobol es Nurbol Zhumaskaliyev, jugador durante muchos años del club e internacional con Kazajistán. En 2005 fue elegido Futbolista del Año de Kazajistán. Otro protagonista importante de la etapa de éxitos de mediados de la década de 2000 fue Ulugbek Bakaev, máximo goleador del campeonato kazajo en 2004 y 2010. En el histórico partido de la Copa Intertoto contra Zestafoni, los goles de Tobol fueron marcados por Nurbol Zhumaskaliyev, Ruslan Baltiev y Ulugbek Bakaev.
El estadio del club es el Estadio Central de Kostanay, inaugurado en 1964. La información histórica oficial del club indica una capacidad de 8.050 espectadores. Tobol se ha asociado tradicionalmente con los colores amarillo y verde, aunque en diferentes periodos de su historia también utilizó otras combinaciones en sus uniformes.
En los años siguientes, Tobol mantuvo su posición entre los principales clubes de Kazajistán. Después de los títulos de liga de 2010 y 2021, el equipo conquistó nuevamente la Copa de Kazajistán en 2023 y 2025. Su larga historia desde la época soviética, sus dos campeonatos nacionales y su destacada campaña en la Copa Intertoto de la UEFA convierten a Tobol en uno de los clubes más representativos del norte de Kazajistán.