Toboł z Kustanaju należy do grona najbardziej utytułowanych i rozpoznawalnych klubów kazachskiego futbolu. Jego historia sięga 1967 roku, kiedy drużyna rozpoczęła udział w rozgrywkach zespołów mistrzowskich w Związku Radzieckim. Przez kolejne dekady występowała pod różnymi nazwami: Awtomobilist, Buriewiestnik, Eniergietik, Kustanajec i Chimik. Nazwa Tobol obowiązuje od 1995 roku.
Jednym z najważniejszych okresów w historii klubu był początek XXI wieku. Toboł regularnie znajdował się w czołówce mistrzostw Kazachstanu, zdobywając wicemistrzostwo w 2003, 2005, 2007 i 2008 roku. Na pierwszy tytuł mistrzowski musiał jednak poczekać do 2010 roku. Drużyna prowadzona przez Rawila Sabitowa sięgnęła wtedy po pierwsze w historii mistrzostwo Kazachstanu. Drugie mistrzostwo przyszło w 2021 roku, co ugruntowało pozycję klubu jako jednej z czołowych drużyn kraju.
Szczególne miejsce w historii Tobołu zajmuje sezon 2007. Kustanajski zespół zdobył wtedy pierwszy w swojej historii Puchar Kazachstanu, pokonując w finale Ordabasy Szymkent. Jeszcze większym osiągnięciem okazał się występ w Pucharze Intertoto UEFA. Tobol rozpoczął turniej od zwycięstwa 3:0 nad Zestafoni, a następnie wyeliminował Slovan Liberec, wygrywając rewanż w Czechach 2:0. W trzeciej rundzie dwukrotnie pokonał grecki OFI Kreta 1:0 i awansował do drugiej rundy kwalifikacyjnej Pucharu UEFA. UEFA zaliczyła Toboł do jedenastu zwycięzców Pucharu Intertoto w 2007 roku.
Europejska kampania z 2007 roku pozostaje najbardziej charakterystycznym międzynarodowym osiągnięciem klubu. Warto wspomnieć zwłaszcza o rewanżu ze Slovanem Liberec, zakończonym zwycięstwem Tobołu 2:0 na wyjeździe, oraz o dwumeczu z OFI, w którym kazachski zespół zachował czyste konto w obu spotkaniach. W kolejnej rundzie Pucharu UEFA drużyna nie zdołała jednak awansować dalej, przegrywając z Dyskobolią Grodzisk Wielkopolski 0:1 i 0:2.
Do najważniejszych postaci w historii Tobołu należy Nurbol Żumaskalijew, wieloletni zawodnik klubu i reprezentant Kazachstanu. W 2005 roku został wybrany najlepszym piłkarzem Kazachstanu. Ważną rolę w sukcesach z połowy pierwszej dekady XXI wieku odgrywał również Uługbiek Bakajew, który dwukrotnie — w 2004 i 2010 roku — został królem strzelców mistrzostw Kazachstanu. W pamiętnym meczu Pucharu Intertoto przeciwko Zestafoni gole dla Tobołu zdobywali Nurbol Żumaskalijew, Rusłan Bałtijew i Uługbiek Bakajew.
Domowym stadionem klubu pozostaje Stadion Centralny w Kustanaju, obiekt otwarty w 1964 roku. Oficjalne materiały klubu podają pojemność 8050 miejsc. Charakterystycznym elementem identyfikacji Tobołu są żółte i zielone barwy, choć w różnych okresach drużyna korzystała również z innych zestawów strojów.
W kolejnych latach Toboł potwierdzał swoją trwałą pozycję w krajowej piłce. Po mistrzostwach z 2010 i 2021 roku klub dołożył kolejne triumfy w Pucharze Kazachstanu w 2023 i 2025 roku. Dzięki połączeniu długiej historii sięgającej czasów radzieckich, dwóch mistrzostw kraju oraz wyjątkowego sukcesu w Pucharze Intertoto Toboł pozostaje jednym z najbardziej charakterystycznych klubów północnego Kazachstanu.