FK Panevėžys es uno de los clubes más jóvenes que han conquistado el campeonato de Lituania y que, en poco tiempo, se han establecido entre los principales equipos del país. El club fue fundado el 18 de febrero de 2015 y comenzó a competir en la segunda categoría. En 2018 ganó la Primera Liga y consiguió el ascenso a la máxima categoría. Desde 2019 participa de forma ininterrumpida en la primera división lituana.
El mayor éxito de la historia de Panevėžys llegó en 2023, cuando el club conquistó por primera vez el campeonato lituano, asegurándose el título a falta de cuatro jornadas. Antes ya había ganado la Copa de Lituania en 2020 y la Supercopa de Lituania en 2021. Posteriormente añadió otra Supercopa en 2024 y volvió a ganar la copa nacional en 2025.
El campeonato de 2023 abrió al club las puertas de sus campañas europeas más importantes. En la temporada 2024/25, FK Panevėžys debutó en la fase de clasificación de la Liga de Campeones, donde se enfrentó al Jagiellonia Białystok. El campeón lituano perdió ambos partidos y quedó eliminado en la segunda ronda, aunque posteriormente también participó en las eliminatorias de la Liga Europa y la Liga Conferencia. Otro enfrentamiento europeo destacado tuvo lugar en 2023 contra el israelí Hapoel Be’er Sheva, que eliminó al Panevėžys por un marcador global de 2-1 en la segunda ronda de clasificación de la Liga Conferencia.
El estadio del club es el Aukštaitijos stadionas de Panevėžys. Panevėžys viste tradicionalmente de rojo, un elemento reconocible de su identidad. A pesar de su corta historia, el club ha pasado rápidamente de las categorías inferiores a convertirse en campeón de Lituania y participante habitual en las rondas de clasificación europeas, consolidándose como uno de los representantes destacados del fútbol lituano moderno.