En el deporte lituano, el nombre Žalgiris de Kaunas estuvo durante décadas asociado casi exclusivamente al legendario equipo de baloncesto; sin embargo, en 2025 la rama de fútbol de la misma organización escribió su propio capítulo histórico. El FK Kauno Žalgiris, fundado en 2004 como FM Spyris Kaunas por entrenadores de la escuela de fútbol de Kaunas Tauras, adoptó oficialmente el nombre del gigante del baloncesto a comienzos de la temporada 2016, tras una disputa legal de dos años por el derecho a usarlo. Después de años construyendo gradualmente su posición en la A Lyga, la máxima categoría de Lituania, el club conquistó en 2025 su primer campeonato nacional, terminando la temporada con 75 puntos, ocho más que el subcampeón, el FC Hegelmann.
El histórico triunfo le abrió al club las puertas de su debut en la fase clasificatoria de la Liga de Campeones de la UEFA. En el verano de 2026, el Kauno Žalgiris eliminó al kosovar Drita Gjilan en la primera ronda clasificatoria, ganando la eliminatoria por un global de 4-3, antes de superar al armenio Ararat-Armenia por 1-0 en el global en la segunda ronda: las primeras victorias del club en la historia de la fase clasificatoria de la Liga de Campeones. El éxito deportivo se completó con la Supercopa de Lituania de 2026, conquistada a principios de ese año tras vencer 1-0 al Panevėžys.
Pese a este hito, la sección de fútbol del Žalgiris sigue operando a la sombra de su homólogo de baloncesto, que, gracias a su participación en la Euroliga y a décadas de dominio doméstico, genera una atención mediática y una asistencia de público incomparablemente mayores. El club es propiedad del director general de la Euroliga, Paulius Motiejūnas, y de la leyenda del baloncesto lituano Mantas Kalnietis, quien ejerce como presidente del club. Cabe señalar también que, en las clasificaciones internacionales de la UEFA, el equipo de Kaunas suele confundirse con su homónimo de la capital, el FK Žalgiris Vilnius, un club más antiguo y con un palmarés doméstico mucho más amplio, aunque el conjunto de Kaunas lo ha superado ahora en cuanto al logro liguero más reciente.
El equipo disputa sus partidos como local en el Estadio Steponas Darius y Stasys Girėnas de Kaunas, un recinto con capacidad para más de 15.000 espectadores que fue el escenario de la temporada histórica del club. El equipo viste de verde y blanco, colores adoptados junto con el nombre Žalgiris y que simbolizan el vínculo con la herencia baloncestística de la organización.