W litewskim sporcie nazwa Žalgiris Kowno kojarzy się niemal wyłącznie z legendarną sekcją koszykówki, jednak w strukturach tej samej organizacji funkcjonuje również klub piłkarski. Założony w 2004 roku jako FM Spyris Kaunas, zespół oficjalnie przyjął historyczną nazwę FK Kauno Žalgiris na początku 2016 roku, stając się piłkarskim ramieniem kowieńskiego giganta. Choć na krajowym podwórku drużyna z Kowna zdołała wywalczyć wicemistrzostwo Litwy w 2022 roku oraz kilkukrotnie stawała na najniższym stopniu podium ligi, jej pozycja w hierarchii litewskiego sportu pozostaje daleko w tyle za utytułowaną, koszykarską sekcją, która generuje nieporównywalnie większe zainteresowanie medialne i frekwencyjne.
W międzynarodowych zestawieniach piłkarskich zespół z Kowna zajmuje odległe pozycje, co odzwierciedla trudną specyfikację i ogólny poziom klubowego futbolu w tym kraju. W rankingu krajowym oraz klubowym prowadzonym przez UEFA, FK Kauno Žalgiris plasuje się poza czołową dwusetką europejskich zespołów, gromadząc punkty głównie dzięki regularnym, ale zazwyczaj krótkim występom w fazach eliminacyjnych Ligi Konferencji. Warto zauważyć, że w tych samych zestawieniach znacznie wyżej notowany jest ich imiennik ze stolicy, FK Žalgiris Wilno, z którym kownianie bywają często myleni przez zagranicznych kibiców.
Marka Žalgiris w Kownie buduje swoją globalną tożsamość na parkietach Euroligi, a jej piłkarski odpowiednik na stadionie S. Dariusa i S. Girėnasa wciąż walczy o wyjście z głębokiego cienia lokalnej religii, jaką na Litwie jest koszykówka.