Los orígenes del Legia de Varsovia no se encuentran en la capital, sino en el frente de la Primera Guerra Mundial. El equipo de fútbol se formó en marzo de 1916 cerca de Kostiuchnówka, en Volinia, entre soldados de las Legiones Polacas de Józef Piłsudski. Tras la disolución de las Legiones en el otoño de 1917, el club suspendió su actividad durante varios años, hasta renacer en Varsovia en 1920 como Club Deportivo Militar. El nombre Legia se recuperó tras la fusión con el club más antiguo de la capital, el Korona, en 1922.
Los colores actuales del club, rojo, blanco, verde y negro, y su escudo, con la letra "L" dentro de un círculo negro, se adoptaron formalmente en una asamblea general el 2 de julio de 1957, cuando, tras años funcionando como CWKS Varsovia (1950-1957), también se recuperó el nombre histórico. En 1936 el Legia sufrió el único descenso de su historia. El club regresó a la élite tras la guerra, en 1948, y desde entonces nunca la ha abandonado.
El Legia conquistó su primer campeonato polaco relativamente tarde, en 1955, pero a partir de entonces construyó de forma constante su posición dominante en el fútbol polaco. El club suma 15 títulos de liga (algunos recuentos publicados por el propio club hablan de 16, incluyendo el título de la temporada 1992/93, posteriormente retirado tras la polémica en torno al llamado "domingo de los milagros"), además de un récord de 21 Copas de Polonia y 5 Supercopas polacas, lo que convierte al Legia en el club más laureado de la historia del fútbol polaco.
En el plano europeo, el Legia llegó más lejos en la temporada 1969-70, alcanzando las semifinales de la Copa de Europa, donde fue eliminado por el posterior campeón, el Feyenoord. Un año después llegó a los cuartos de final de la misma competición. En 1990-91 el club alcanzó las semifinales de la Recopa de Europa, y en 1995-96, como primer equipo polaco en la fase de grupos de la Champions League, avanzó hasta cuartos de final. La historia más reciente del club también ha dejado enfrentamientos memorables ante gigantes europeos, entre ellos los llamativos duelos con el Real Madrid y el Borussia Dortmund en la Champions League 2016-17, mientras que en 2024-25 el Legia alcanzó los cuartos de final de la Liga Conferencia de la UEFA.
El Legia disputa sus partidos como local en el Estadio del Ejército Polaco, en la calle Łazienkowska, cuya grada "Żyleta" es famosa en toda Europa por su apoyo fanático y sus espectaculares, y a menudo polémicos, despliegues de tifo. El estatus del Legia lo convierte en el club que más pasiones despierta en Polonia, adorado por millones de aficionados y a la vez detestado por sus rivales, y cada victoria en los clásicos ante el Lech Poznań o el Wisła Cracovia refuerza aún más su posición como gigante deportivo y organizativo del fútbol polaco.