El Podbeskidzie Bielsko-Biała solo existe formalmente desde 1997, sin embargo, el linaje futbolistico del club se remonta a la epoca del Imperio austrohungaro: es el heredero de la tradicion del Bielitzer Fussball Klub, fundado en 1907 como el primer equipo de futbol de Bielsko. La Towarzystwo Sportowe Podbeskidzie se establecio el 11 de julio de 1997 mediante la fusion de la seccion de futbol del BBTS Włókniarz Bielsko-Biała con el club de distrito DKS Inter Komorowice, que a su vez era producto de una fusion anterior entre el Inter Bielsko-Biała y el DKS Komorowice. El club recien formado, que jugaba inicialmente bajo el nombre de BBTS Ceramed Komorowice, absorbio asi las tradiciones de varios equipos de Bielsko -ademas del Bielitzer Fussball Klub, tambien el Budowlani Bielsko de la posguerra, fundado en 1949, y el Włókniarz-, y el mas antiguo de sus predecesores ya habia participado en la primerisima edicion de la Copa de Polonia en 1925, alcanzando la semifinal del distrito de Cracovia, donde cayo ante el eventual campeon del torneo, el Wisła de Cracovia.
Desde el momento de su fundacion en 1997, el nuevo club vivio un rapido ascenso deportivo, escalando tres categorias del futbol polaco en solo cinco anos -desde la liga regional, pasando por la cuarta y la tercera division, hasta la segunda categoria, donde en 2002 adopto su nombre actual, Podbeskidzie, subrayando el caracter regional del club y su vinculo con la identidad montanesa de los Beskides. Ese progreso se vio interrumpido por un escandalo nacional de amanamiento de partidos, por el cual el Podbeskidzie fue sancionado en la temporada 2007-08 con una resta de seis puntos y una multa de 50.000 zlotys por seis encuentros previamente arreglados, una pena que, segun algunos comentaristas, le costo entonces al club su oportunidad de ascender a la Ekstraklasa. A pesar de este episodio, el club no se desvio de su rumbo hacia la maxima categoria y, tras la reestructuracion de las ligas en 2008, construyo de forma constante un equipo solido justo por debajo de la elite.
El momento historico llego en la temporada 2010-11, cuando el Podbeskidzie se convirtio en el primer equipo de Bielsko-Biała en lograr el ascenso a la Ekstraklasa, llenando por completo el Estadio Municipal y trayendo a la ciudad a rivales como el Legia de Varsovia, el Lech de Poznań o el Wisła de Cracovia. En la maxima division, el club -conocido por sus aficionados como los Montaneses- jugo entre 2011 y 2016 y de nuevo en la temporada 2020-21, registrando en el camino su mayor victoria historica, un contundente 4-0 ante la Jagiellonia Białystok en febrero de 2013. Aunque el Podbeskidzie compite en la II liga desde la temporada 2024-25, el club sigue siendo uno de los simbolos perdurables del futbol en la region de Podbeskidzie, encarnando mas de un siglo de tradicion futbolistica local a los pies de los montes Beskides.