Pogoń Szczecin es un club cuya historia está estrechamente ligada a Szczecin y al carácter portuario de la ciudad. El club moderno fue fundado el 21 de abril de 1948 con el nombre de KS Sztorm, inicialmente con secciones de fútbol y boxeo. Posteriormente atravesó varios cambios organizativos. En 1950 se creó el KS Kolejarz Szczecin y, en otoño de 1955, el club adoptó el nombre de Pogoń, en referencia a la tradición del desaparecido Pogoń Lwów de antes de la Segunda Guerra Mundial. En 1958, el equipo de Szczecin ascendió por primera vez a la máxima categoría, iniciando una larga trayectoria en la élite del fútbol polaco.
Una de las figuras más importantes de las primeras décadas del club fue Florian Krygier. Su trabajo estuvo estrechamente relacionado con el desarrollo de Pogoń durante los años 50 y las décadas posteriores, especialmente con la formación de jóvenes futbolistas. En 1957, el equipo dirigido por él logró el ascenso a la segunda categoría y un año después alcanzó la primera división. Krygier se convirtió durante décadas en un símbolo de la tradición organizativa y formativa del club, y el estadio de Pogoń lleva actualmente su nombre.
El primer gran logro liguero de Pogoń Szczecin llegó en 1984, cuando consiguió la medalla de bronce del campeonato polaco. Fue el primer podio de máxima categoría en la historia del club. Tres años después, los Portuarios lograron entonces su mejor clasificación liguera, terminando la temporada 1986/87 como subcampeones. Repitieron ese resultado en 2000/01. Pogoń nunca ha ganado el campeonato de Polonia, pero sus dos subcampeonatos y varias posiciones destacadas le han permitido figurar entre los principales clubes del país en diferentes periodos.
El club alcanzó la final de la Copa de Polonia en cuatro ocasiones antes de 2025: en 1981, 1982, 2010 y 2024, pero perdió cada una de esas finales. La de 2024 fue especialmente dolorosa. Pogoń se adelantó 1-0 ante Wisła Kraków gracias a un gol de Efthymis Koulouris, pero encajó dos tantos durante la prórroga y perdió 1-2. En 2025 volvió a alcanzar la final, esta vez frente al Legia Varsovia. El partido terminó 4-3 a favor del Legia, dejando a Pogoń con otra derrota en una final de copa. Por tanto, el club continúa sin títulos de liga ni de Copa de Polonia.
La historia europea de Pogoń se remonta a 1965, cuando el club debutó en la Copa Intertoto. El equipo de Szczecin derrotó entonces al NK Zagreb por 3-0 como local. Su primera participación oficial en una competición de clubes de la UEFA llegó en la temporada 1984/85, cuando Pogoń se enfrentó al 1. FC Köln en la primera ronda de la Copa de la UEFA. El conjunto alemán ganó los dos partidos, pero la eliminatoria supuso un acontecimiento importante para el club y su primera confrontación europea con un rival de esa dimensión.
En el siglo XXI, Pogoń regresó a las rondas de clasificación de las competiciones europeas. El club debutó en la Liga Conferencia de la UEFA en 2021/22 y posteriormente volvió a disputar sus eliminatorias. En 2023/24 alcanzó la tercera ronda de clasificación después de eliminar al Linfield FC, antes de quedar eliminado por el KAA Gent belga. El fútbol europeo se ha convertido así en una parte importante de la identidad moderna del club, aunque Pogoń todavía no ha alcanzado la fase principal de una competición de clubes de la UEFA.
La identidad de Pogoń está fuertemente vinculada a Szczecin. El club utiliza tradicionalmente los colores azul marino y burdeos, mientras que su apodo Portowcy, los Portuarios, hace referencia al morskiemu dziedzictwu miasta. El escudo incorpora un grifo, uno de los principales símbolos de Szczecin y Pomerania Occidental. Los partidos como local se disputan en el Stadion Miejski im. Floriana Krygiera, en la calle Twardowskiego, que forma parte de la infraestructura futbolística del club.
La formación de jóvenes ocupa un lugar especialmente importante en la tradición de Pogoń. El club ha desarrollado sus propias estructuras de formación durante décadas, y Florian Krygier continúa siendo uno de los símbolos de esta filosofía. Entre los futbolistas vinculados a Pogoń destaca Kamil Grosicki, formado en las categorías inferiores del club y posteriormente internacional con Polonia, que se convirtió en una de las figuras más reconocibles de la etapa moderna del equipo de Szczecin. Pogoń sigue siendo uno de los clubes más importantes de Pomerania Occidental, combinando una fuerte identidad local, una larga presencia en la máxima categoría polaca, una tradición formativa y numerosas participaciones en las rondas de clasificación europeas.