El FC Thun fue fundado el 1 de mayo de 1898 por un grupo de aficionados al fútbol que se reunieron en la posada Zum Sternen, en el cruce de las calles Marktgasse y Schwäbisstrasse, en Thun. El club adoptó los colores rojo y blanco y pasó sus primeras décadas ascendiendo por las categorías amateurs, desde la Liga Central Suiza hasta la 2.Liga a partir de 1933, antes de que la reestructuración de las ligas en 1944 lo llevara a la 1.Liga. Su primer ascenso histórico a la máxima categoría, la Nationalliga A, llegó en la temporada 1953/54 tras terminar subcampeón por detrás del Lugano, aunque la permanencia duró solo un año antes del descenso.
El club tardó 47 años en regresar a primera división, algo que finalmente logró bajo las órdenes del entrenador Hanspeter Latour, artífice del ascenso a la Nationalliga A en 2001/02. Pocas temporadas después llegó el episodio más brillante de la historia del club antes de 2025: la clasificación a la fase de grupos de la UEFA Champions League en 2005/06, con el actual entrenador Mauro Lustrinelli como delantero del equipo, Nelson Ferreira anotando en el recordado partido ante el Arsenal, y Andres Gerber, hoy presidente del club, como capitán de aquel equipo.
El FC Thun disputa sus partidos como local en el Stockhorn Arena, con capacidad para 10.000 espectadores. El club ha alcanzado dos veces la final de la Copa Suiza, cayendo en 1955 y 2019, y en 2025/26 coronó más de un siglo de desarrollo constante y arraigo local con su primer título de campeón de Suiza.