«Тун» был основан 1 мая 1898 года группой энтузиастов футбола, которые собрались в трактире Zum Sternen на пересечении улиц Марктгассе и Швебиштрассе в городе Тун. Клуб выбрал красно-белые цвета и первые десятилетия постепенно поднимался по любительским лигам — от Центральной швейцарской лиги до 2. лиги с 1933 года, а после реформы лиг 1944 года перешёл в 1. лигу. Впервые в высший дивизион, Национальную лигу А, клуб вышел по итогам сезона 1953/54, заняв второе место вслед за «Лугано», однако удержаться там удалось лишь один сезон.
Вернуться в элиту клубу удалось только спустя 47 лет — под руководством тренера Ханспетера Латура, который вывел команду в Национальную лигу А в сезоне 2001/02. Спустя несколько сезонов клуб пережил самый яркий эпизод своей истории до 2025 года — выход в групповой этап Лиги чемпионов УЕФА в сезоне 2005/06, в котором нападающим команды был нынешний главный тренер Мауро Лустринелли, гол в памятном матче против «Арсенала» забил Нелсон Феррейра, а капитаном той команды был Андрес Гербер, ныне президент клуба.
Домашние матчи «Тун» проводит на стадионе «Штокхорн Арена», рассчитанном на 10 000 зрителей. Клуб дважды выходил в финал Кубка Швейцарии, уступив в 1955 и 2019 годах, а в сезоне 2025/26 увенчал более чем вековое развитие, основанное на стабильности и местных воспитанниках, своим первым чемпионским титулом Швейцарии.