FC Thun został założony 1 maja 1898 roku z inicjatywy grupy entuzjastów piłki nożnej, którzy spotkali się w gospodzie Zum Sternen, na skrzyżowaniu Marktgasse i Schwäbisstrasse w Thun. Klub przyjął barwy czerwono-białe i przez pierwsze dekady przechodził przez kolejne szczeble amatorskich rozgrywek – od Centralnej Ligi Szwajcarskiej, przez 2. ligę od 1933 roku, aż po reformę lig w 1944 roku, która przeniosła zespół do 1. ligi. Pierwszy historyczny awans do najwyższej klasy rozgrywkowej, Nationalliga A, klub wywalczył w sezonie 1953/1954, kończąc rozgrywki na drugim miejscu za Lugano – jednak już rok później spadł z powrotem do niższej ligi.
Na powrót do elity trzeba było czekać aż 47 lat. Udało się to dopiero pod wodzą trenera Hanspetera Latoura, który wprowadził zespół do Nationalliga A w sezonie 2001/2002. Kilka lat później klub przeżył najjaśniejszy moment swojej historii sprzed obecnego mistrzostwa – awans do fazy grupowej Ligi Mistrzów UEFA w sezonie 2005/2006, podczas którego napastnikiem drużyny był obecny trener Mauro Lustrinelli, gola w pamiętnym meczu z Arsenalem strzelił Nelson Ferreira, a kapitanem zespołu był Andres Gerber – dziś prezes klubu.
Mecze domowe FC Thun rozgrywa na liczącej 10 000 miejsc Stockhorn Arenie. W swojej historii klub dwukrotnie dochodził do finału Pucharu Szwajcarii, przegrywając w 1955 i 2019 roku, a w sezonie 2025/2026 sięgnął po swoje pierwsze mistrzostwo Szwajcarii, wieńcząc ponad wiek budowania klubowej tożsamości opartej na stabilności i wychowankach.