FC Spartak Trnava powstał 30 maja 1923 roku z połączenia dwóch lokalnych klubów, ŠK Čechie i ČšŠK, tworząc TŠS Trnava, i od tamtej pory gra na tym samym terenie w centrum miasta. W czasach komunistycznych klub przechodził wymuszone zmiany nazwy, funkcjonując na krótko jako Sokol, a następnie jako TJ Kovosmalt, związany z lokalnym przemysłem metalowym, zanim w 1953 roku przyjęto nazwę Spartak.
Złota era klubu rozpoczęła się 9 czerwca 1968 roku, gdy przed 20 tysiącami widzów, w deszczu, Spartak pokonał Jednotę Trenczyn 2:0, zdobywając pierwsze mistrzostwo Czechosłowacji, a Jozef Adamec został królem strzelców ligi. Trener Anton Malatinský, który zaraz potem wyjechał do Austrii, zbudował fundamenty drużyny, która pod wodzą jego następcy, Jána Hucki, obroniła tytuł w kolejnym sezonie i dotarła do półfinału Pucharu Europy 1968/69 - to wciąż najdalszy etap tych rozgrywek, jaki osiągnął jakikolwiek słowacki lub czeski klub. Tam Spartak przegrał w dwumeczu 2:3 z Ajaksem prowadzonym przez Johana Cruyffa, choć rok wcześniej był bliski europejskiego trofeum, kończąc rozgrywki Pucharu Mitropa 1967/68 na drugim miejscu, za Crveną Zvezdą Belgrad. W latach 1968-1973 klub zdobył pięć mistrzostw Czechosłowacji w sześciu sezonach, co uzupełniły ćwierćfinały Pucharu Europy w 1973 i 1974 roku, a w składzie występowali między innymi Ladislav Kuna i Karol Dobiaš - ten drugi jako jedyny wychowanek Trnawy w mistrzowskiej kadrze Czechosłowacji na Euro 1976.
Po rozpadzie Czechosłowacji w 1993 roku Spartak pozostał uznaną marką słowackiej piłki, jednak na pierwsze mistrzostwo niepodległej Słowacji musiał czekać aż do sezonu 2017/18, zdobywając później również krajowe puchary w 2019, 2022 i 2023 roku, mimo okresów finansowej i organizacyjnej niestabilności.
Nazywany Bíli anjeli (Biali Aniołowie), choć gra w barwach czerwono-czarnych, Spartak rozgrywa mecze na stadionie nazwanym w 1998 roku imieniem Malatinskiego, którego taktyczne dziedzictwo do dziś stanowi fundament klubowej tożsamości. Głęboko zakorzeniony w Trnawie, niedaleko Bratysławy, Spartak wciąż reprezentuje Słowację w europejskich pucharach, wspierany przez wiernych kibiców, których lojalność przetrwała liczne wzloty i upadki klubu.