«ФК Спартак Трнава» был основан 30 мая 1923 года в результате слияния двух местных клубов, ŠK Čechie и ČšŠK, образовавших ТШС Трнава, и с тех пор играет на той же площадке в центре города. В коммунистическую эпоху клуб пережил ряд вынужденных смен названия, недолго именуясь «Соколом», а затем ТЙ «Ковосмальт» — в честь местной металлургической промышленности, — прежде чем в 1953 году окончательно закрепилось название «Спартак».
Золотая эра клуба началась 9 июня 1968 года, когда на глазах 20 тысяч зрителей, под дождём, «Спартак» обыграл «Единоту» Тренчин со счётом 2:0, завоевав первый чемпионский титул Чехословакии, а Йозеф Адамец стал лучшим бомбардиром лиги. Тренер Антон Малатинский, покинувший клуб сразу после этого, заложил основы команды, которая под руководством его преемника Яна Гуцко защитила титул в следующем сезоне и дошла до полуфинала Кубка европейских чемпионов 1968/69 — до сих пор лучшего результата словацкого или чешского клуба в этом турнире. Там «Спартак» уступил по сумме двух матчей со счётом 2:3 «Аяксу» с Йоханом Кройфом, хотя годом ранее был близок к европейскому трофею, финишировав вторым в Кубке Митропы 1967/68 вслед за белградской «Црвеной звездой». В период с 1968 по 1973 год клуб выиграл пять чемпионских титулов Чехословакии за шесть сезонов, добавив к этому четвертьфиналы Кубка европейских чемпионов в 1973 и 1974 годах, а в составе выступали, в частности, Ладислав Куна и Кароль Добиаш — последний был единственным воспитанником Трнавы в чемпионском составе сборной Чехословакии на Евро-1976.
После распада Чехословакии в 1993 году «Спартак» остался уважаемым именем словацкого футбола, однако первого чемпионского титула независимой Словакии клубу пришлось ждать до сезона 2017/18, а позднее клуб добавил и национальные кубки в 2019, 2022 и 2023 годах, несмотря на периоды финансовой и организационной нестабильности.
Прозванный «Бели анели» («Белые ангелы»), хотя играет в красно-чёрных цветах, «Спартак» проводит матчи на стадионе, названном в 1998 году в честь Малатинского, чьё тактическое наследие до сих пор лежит в основе идентичности клуба. Глубоко укоренённый в Трнаве, неподалёку от Братиславы, «Спартак» продолжает представлять Словакию в еврокубках, опираясь на поддержку болельщиков, чья верность пережила многочисленные взлёты и падения клуба.