FH Hafnarfjördur to klub, którego sekcja piłkarska powstała niejako przez przypadek – w wyniku nieudanych negocjacji o utworzeniu wspólnej drużyny z lokalnym rywalem. Fimleikafélag Hafnarfjarðar, czyli Klub Gimnastyczny Hafnarfjördur, powstał 15 października 1929 roku, początkowo skupiając się na gimnastyce, a wkrótce także na piłce ręcznej, która przez dekady pozostawała flagową dyscypliną klubu. Dopiero po 1939 roku, gdy rozmowy między FH a klubem Haukar dotyczące stworzenia wspólnej reprezentacji piłkarskiej miasta zakończyły się fiaskiem, powołano samodzielną sekcję piłki nożnej FH.
Przez większość XX wieku FH pozostawało klubem o skromnych ambicjach ligowych, przechodząc przez serię awansów i spadków – w 1975 roku po raz pierwszy awansowało do najwyższej klasy rozgrywkowej, by w 1981 roku spaść z ostatniego miejsca w tabeli. Prawdziwa era dominacji FH rozpoczęła się dopiero w pierwszej dekadzie XXI wieku, w dużej mierze za sprawą trenera Ólafura Jóhannessona, pod którego wodzą klub zdobył trzy mistrzostwa Islandii i dwukrotnie zajął drugie miejsce w lidze, a także wywalczył Puchar Islandii w 2007 roku, pokonując w finale Fjölnir 2:1. Pierwszy tytuł mistrzowski FH zdobyło w 2004 roku, co dało klubowi debiut w eliminacjach Ligi Mistrzów UEFA sezonu 2005/06, w których zespół odpadł po dwumeczu z azerskim Neftçi Baku. W kolejnych latach FH regularnie startowało w europejskich pucharach, notując między innymi zwycięstwo nad szkockim Dunfermline Athletic dzięki golowi zdobytemu w doliczonym czasie gry przez Tommy'ego Nielsena.
Ciekawym elementem tożsamości klubu jest przyjacielska więź kibiców FH z fanami szkockiego St Johnstone FC, wyrażająca się we wzajemnych odwiedzinach na meczach oraz wspólnych spotkaniach towarzyskich – rzadki przykład międzynarodowej przyjaźni kibicowskiej niezwiązanej z żadnym historycznym pokrewieństwem klubów. Znany jako FH-ingar, zespół rozgrywa mecze domowe na stadionie Kaplakriki w Hafnarfjördur, mieście portowym na południowo-zachodnim wybrzeżu Islandii, mogącym pomieścić sześć i pół tysiąca widzów.