Arka Gdynia to klub, który zawdzięcza swoje istnienie dynamicznemu rozwojowi miasta portowego. Za oficjalną datę powstania klubu uznaje się rok 1929, gdy w szybko rosnącej Gdyni powstał Klub Sportowy Gdynia, pierwsze tego rodzaju stowarzyszenie w mieście. Powojenne fuzje kilku lokalnych klubów, w tym Rybackiego Klubu Sportowego MIR założonego w 1946 roku, doprowadziły wiosną 1952 roku do przyjęcia nazwy Arka, pod którą zespół występuje do dziś.
Pierwszy wielki sukces przyszedł w symbolicznym momencie – dokładnie siedem lat po nadaniu klubowi nazwy Arka, 9 maja 1979 roku, gdynianie sięgnęli po Puchar Polski, pokonując w finale Wisłę Kraków 2:1, a bramkę zdobył kapitan zespołu Janusz Kupcewicz, legenda klubu z lat 1974–1982. Triumf otworzył Arce drogę do europejskich pucharów – w sezonie 1979/80 zagrała w Pucharze Zdobywców Pucharów, co pozostaje jedynym w historii klubu występem w rozgrywkach europejskich. Na powtórzenie sukcesu kibice musieli czekać aż 38 lat. W sezonie 2016/17, będąc beniaminkiem Ekstraklasy, Arka nie tylko utrzymała się w lidze, ale ponownie zdobyła Puchar Polski, pokonując w finale Lecha Poznań 2:1 po dogrywce. Rok później, mimo porażki w finale pucharowym z Legią Warszawa, gdynianie zrewanżowali się stołecznemu klubowi w meczu o Superpuchar Polski, wygrywając w rzutach karnych, a w 2018 roku obronili to trofeum, ponownie pokonując Legię 3:2.
Historia Arki to również pasmo wzlotów i upadków w rozgrywkach ligowych, w tym bolesna degradacja związana z aferą korupcyjną. Klub systematycznie jednak wracał do najwyższej klasy rozgrywkowej, w 2025 roku awansując do Ekstraklasy po raz szósty w swojej historii. Żółto-niebiescy rozgrywają mecze na Stadionie Miejskim w Gdyni, a plac przy obiekcie nosi dziś imię Janusza Kupcewicza, na cześć bohatera pierwszego wielkiego triumfu klubu.