FC Midtjylland powstał 1 lutego 1999 roku z fuzji Ikast FS i Herning Fremad, a w europejskim futbolu zasłynął jako klub "Moneyball" – reprezentujący podejście oparte na statystykach xG i analizie danych zamiast tradycyjnego scoutingu. Filozofię tę wprowadził brytyjski biznesmen Matthew Benham, który w 2014 roku został większościowym udziałowcem klubu i pozostawał nim do 2023 roku, gdy sprzedał swoje udziały duńskiej grupie Bestseller, należącej do miliardera Andersa Holcha Povlsena; Benham nadal jest właścicielem angielskiego Brentford, gdzie stosuje podobne metody.
Już rok po przejęciu klubu przez Benhama, w sezonie 2014/2015, nowatorskie podejście przełożyło się na pierwsze w historii mistrzostwo Danii. Od tego czasu Wilki (Ulvene) zdobyły łącznie cztery tytuły mistrzowskie – w 2015, 2018, 2020 i 2024 roku.
Najbardziej pamiętny europejski wieczór w historii klubu przypadł na luty 2016 roku, gdy Midtjylland pokonał u siebie Manchester United 2:1 w 1/16 finału Ligi Europy. Mimo tego zwycięstwa klub odpadł z rozgrywek po porażce 1:5 w rewanżu na Old Trafford (3:6 w dwumeczu).
Swoje mecze domowe zespół rozgrywa na stadionie MCH Arena w Herning, a wypracowany przez klub model działania oparty na analityce danych stał się wzorem naśladowanym przez kluby w całej Europie.