В мае 2025 года «Юнион Сен-Жиллуаз» положил конец самой долгой чемпионской засухе в истории европейского футбола: спустя 90 лет ожидания клуб вновь стал чемпионом Бельгии, обыграв в решающем матче плей-офф «Гент» со счётом 3:1. Предыдущий титул «Юнион» завоёвывал в 1935 году.
Клуб был основан 1 ноября 1897 года группой подростков из квартала Плэн-дю-Сюд в брюссельской коммуне Сен-Жиль. Первая форма клуба была чёрно-белой — её одолжил «Расинг Клуб Брюссель», однако уже в 1898 году «Юнион» перешёл на жёлто-синие цвета своей коммуны, которым верен до сих пор. Уже в первое десятилетие XX века клуб стал самым титулованным в стране: первый чемпионский титул был завоёван в 1904 году, а к 1907 году их набралось уже четыре. В 1912 году «Юнион» первым в истории бельгийского футбола сделал золотой дубль (чемпионат и кубок), а в 1913 и 1914 годах дважды подряд выигрывал Кубок Бельгии.
Пик доминирования пришёлся на 1933–1935 годы, когда под руководством капитана Жюля Паппарта команда провела без поражений 60 матчей подряд в чемпионате — национальный рекорд, не побитый до сих пор, — и трижды подряд стала чемпионом. Всего к 1935 году клуб завоевал одиннадцать титулов чемпиона Бельгии, уступая по этому показателю только «Андерлехту» и «Брюгге».
Послевоенные десятилетия, однако, обернулись долгим упадком: «Юнион» опускался вплоть до четвёртого дивизиона и не раз оказывался на грани банкротства. Перелом наступил в 2018 году, когда клуб приобрёл британский бизнесмен Тони Блум, владелец «Брайтона», вместе с Алексом Музио. В 2021 году «Юнион» вернулся в высший дивизион после 48-летнего отсутствия и в последующие сезоны неизменно боролся за титул — в 2023 году команда была виртуальным чемпионом вплоть до 89-й минуты последнего тура. В сезоне 2023/24 клуб дошёл до четвертьфинала Лиги Европы, где уступил будущему финалисту турнира леверкузенскому «Байеру», а годом позже выиграл Кубок Бельгии.
Домашние матчи «Юнион» проводит на уютном стадионе имени Жозефа Марьена, живописно расположенном в парке Дюден коммуны Форе. Арена была открыта в 1919 году товарищеским матчем с «Миланом» и сегодня вмещает около 9400 зрителей; характерный фасад в стиле ар-деко делает её одним из самых атмосферных футбольных стадионов Бельгии.