История клуба «Аталанта» началась как студенческая инициатива: клуб был основан 17 октября 1907 года учениками бергамского лицея Паоло Сарпи. В 1920 году «Аталанта» объединилась с местным соперником, клубом «Бергамаска», приняв нынешнее название, а также характерные чёрно-синие цвета, давшие команде прозвище «Нераццурри». Десятилетиями клуб курсировал между двумя высшими дивизионами итальянского футбола, установив по пути рекорд по числу выходов в Серию А.
Первый крупный успех пришёл в 1963 году, когда «Аталанта» — с составом, во многом состоявшим из воспитанников собственной академии, — выиграла Кубок Италии, победив в финале «Торино» со счётом 3:1. Следующего большого триумфа клубу пришлось ждать вплоть до XXI века. Настоящая революция началась с назначением в июне 2016 года тренера Джан Пьеро Гасперини, который внедрил интенсивную персональную систему опеки и превратил скромную команду середины таблицы в один из самых захватывающих коллективов Европы. Кульминацией этого преображения стала победа в Лиге Европы в сезоне 2023/24 — «Аталанта» обыграла в финале в Дублине не проигрывавший 51 матч подряд «Байер Леверкузен» со счётом 3:0 благодаря хет-трику Адемолы Лукмана. Это стал первый крупный трофей клуба с 1963 года.
Золотую эпоху «Аталанты» формировали такие игроки, как Алехандро «Папу» Гомес, Йосип Иличич и Дуван Сапата, а опорой обороны на протяжении многих лет оставался Рафаэл Толои. Команда также регулярно выходила в плей-офф Лиги чемпионов, добравшись в 2020 году до четвертьфинала.
Свои домашние матчи «Аталанта» с 1928 года проводит на модернизированном стадионе Gewiss Stadium в Бергамо, вмещающем около 24 000 зрителей. Основой финансовой устойчивости клуба остаётся знаменитая молодёжная академия в Зингонии, считающаяся одной из лучших в Италии, которая за последнее десятилетие принесла сотни миллионов евро от продажи воспитанников благодаря обширной и высокоэффективной скаутской сети.