Островное положение на Балеарском архипелаге сформировало уникальную идентичность клуба «Мальорка». Команда была основана 5 марта 1916 года под первоначальным названием «Альфонсо XIII» (Alfonso XIII Foot-Ball Club) в честь действующего короля Испании. Вскоре монарх даровал клубу титул «Real», однако после провозглашения Вторыской Республики в 1931 году упоминания о королевской власти были убраны, и клуб переименовали в «Депортиво Мальорка» (Club Deportivo Mallorca). Исторический титул был окончательно возвращен в последующие десятилетия, закрепив официальное наименование «Реал Клуб Депортиво Мальорка» (Real Club Deportivo Mallorca). Красно-черные цвета стали бессменным символом балеарского спорта.
Самый успешный период в истории клуба пришелся на конец 1990-х и начало 2000-х годов. Под руководством аргентинского тренера Эктора Купера команда из Пальма-де-Мальорка в 1999 году дошла до финала последнего в истории Кубка обладателей кубков УЕФА, уступив на стадионе «Вилла Парк» в Бирмингеме итальянскому «Лацио» со счетом 1:2. В этот же период клуб дважды завоевывал бронзовые медали Ла Лиги (в сезонах 1998/1999 и 2000/2001), что позволило ему дебютировать в Лиге чемпионов УЕФА. Главным же трофеем той эпохи стала победа в Кубке Испании (Copa del Rey) в 2003 году, когда в финальном матче на стадионе «Мартинес Валеро» в Эльче была разгромлена «Уэльва» со счетом 3:0. Ранее, в 1998 году, клуб также становился обладателем Суперкубка Испании.
Ключевой фигурой этих успехов стал камерунский нападающий Самюэль Это’о, который до сих пор остается лучшим бомбардиром клуба в истории Ла Лиги с 54 голами (и 70 мячами во всех турнирах). Среди легендарных игроков клуба выделяются полузащитник Пако Солер, проведший в составе команды практически всю карьеру и сыгравший более 400 матчей, а также защитник Мигель Анхель Надаль. В настоящее время команда проводит свои домашние матчи на арене «Сон Моиш» (Estadi Mallorca Son Moix), открытой в 1999 году. Историческое наследие кубковых и еврокубковых финишей обеспечивает клубу прочное место в испанском футболе.