На протяжении десятилетий история «Вильярреала» была историей клуба, который не раз оказывался в шаге от большого европейского успеха, прежде чем наконец добился его. Команда из города с населением менее пятидесяти тысяч человек в провинции Кастельон была основана 10 марта 1923 года, а жёлтый цвет формы клуб принял в 1940-х годах, что дало начало прозвищу «Жёлтая подводная лодка».
Самой драматичной страницей истории клуба остаётся полуфинал Лиги чемпионов 2006 года, когда аргентинский полузащитник Хуан Роман Рикельме не реализовал пенальти в компенсированное время матча с «Арсеналом» — гол вывел бы игру в дополнительное время и открывал путь в финал. Шестнадцать лет спустя, в 2022 году, «Вильярреал» вновь дошёл до полуфинала, на этот раз уступив «Ливерпулю». Клуб также занял второе место в чемпионате Испании в сезоне 2007/08 под руководством Мануэля Пельегрини.
Лишь в 2021 году, под руководством Унаи Эмери, «Вильярреал» завоевал первый крупный трофей в своей истории — Лигу Европы УЕФА, обыграв «Манчестер Юнайтед» в Гданьске в серии из одиннадцати раундов пенальти, в которой единственный промах допустил вратарь соперника. К числу легенд клуба относятся также нападающий Херард Морено, лучший бомбардир в истории команды, и многолетний капитан Бруно Сориано.
Домашние матчи команда проводит на стадионе «Эстадио де ла Серамика», десятилетиями известном как «Эль Мадригаль»; его вместимость — более 23 тысяч зрителей — составляет почти половину населения города. «Вильярреал» остаётся примером клуба, который благодаря стабильному управлению и работе с молодёжью регулярно соперничает с крупнейшими командами Испании.