Specyfika wyspiarskiego położenia na Balearach od zawsze kształtowała tożsamość RCD Mallorca. Klub został założony 5 marca 1916 roku pod pierwotną nazwą Alfonso XIII Foot-Ball Club, na cześć panującego wówczas króla Hiszpanii. Wkrótce potem monarcha nadał zespołowi tytuł „Real”, lecz po ogłoszeniu republiki w 1931 roku władze zmuszone były zmienić nazwę na Club Deportivo Mallorca. Do tradycji korony powrócono w kolejnych dekadach, ustalając ostatecznie miano Real Club Deportivo Mallorca. Czerwono-czarne barwy stanowią nieodłączny element balearskiego sportu, a zespół od dekad uchodzi za najważniejszego reprezentanta tego regionu na krajowej scenie piłkarskiej.
Najbardziej świetlisty okres w historii balearskiej drużyny przypadł na przełom XX i XXI wieku. Pod wodzą argentyńskiego szkoleniowca Héctora Cúpera ekipa z Palma de Mallorca dotarła w 1999 roku do ostatniego w historii finału Pucharu Zdobywców Pucharów, ustępując na stadionie Villa Park w Birmingham włoskiemu SS Lazio 1:2. W tym samym okresie klub dwukrotnie zdobywał 3. miejsce w rozgrywkach La Liga (w sezonach 1998/1999 oraz 2000/2001), co dało mu przepustkę do prestiżowej Ligi Mistrzów UEFA. Koroną tej złotej ery było zdobycie jedynego w historii klubu Pucharu Króla (Copa del Rey) w 2003 roku, po efektownym zwycięstwie 3:0 nad Recreativo Huelva na stadionie Martínez Valero w Elche. Wcześniej zespół zdobył także Superpuchar Hiszpanii w 1998 roku.
Kluczową postacią tamtych sukcesów był kameruński napastnik Samuel Eto’o, który do dziś pozostaje najskuteczniejszym strzelcem w historii występów klubu w La Liga z dorobkiem 54 bramek (oraz łączną liczbą 70 goli we wszystkich rozgrywkach). Wśród legendarni zawodników wyróżniają się również pomocnik Paco Soler, który jako jeden z nielicznych spędził w klubie niemal całą karierę zawodową, rozgrywając ponad 400 meczów, a także wybitny obrońca Miguel Ángel Nadal. Współcześnie drużyna podejmuje swoich rywali na zmodernizowanym obiekcie Estadi Mallorca Son Moix, otwartym w 1999 roku i usytuowanym w stolicy wyspy. Pamięć o historycznych finałach oraz regularne występy na najwyższym szczeblu rozgrywkowym budują solidną pozycję klubu we współczesnym futbolu.