El FC Differdange 03 nació en 2003 de la fusión de dos clubes de la misma ciudad industrial del sur de Luxemburgo: el FA Red Boys Differdange, fundado en 1907, y el AS Differdange, fundado en 1921. El nombre y el escudo con un león del nuevo club se inspiran en el legado del Red Boys, que junto al CA Spora Luxemburgo dominó el fútbol luxemburgués en los años 20 y 30, ganando trece trofeos en trece años entre 1923 y 1936, y que cerró su historia como propietario en solitario del récord de Copas de Luxemburgo.
Tras la fusión, el nuevo club heredó la posición del Red Boys en la liga inferior, pero ya regresó a la máxima categoría en la temporada 2005-06, cuando la liga se amplió. Desde 2006 el club está dirigido por el presidente Fabrizio Bei, cuya larga gestión es considerada la base del ascenso deportivo de Differdange. El equipo juega de rojo y blanco y disputa sus partidos como local en el Stade Municipal de la Ville de Differdange, inaugurado en 2012.
El capítulo europeo más sonado del club llegó en la Liga Europa 2011-12. El Differdange eliminó al estonio Levadia Tallin y, aunque después cayó 0-6 en el global ante el griego Olympiacos Volou en la siguiente ronda, avanzó de todos modos: la UEFA excluyó al club griego de la competición por un escándalo de amaño de partidos y otorgó a Differdange su plaza en la ronda de play-off. Allí se midió al Paris Saint-Germain, la eliminatoria más lejana que ha alcanzado nunca un club luxemburgués en competición europea.
En el ámbito nacional, el club lleva años entre los más fuertes del país: ganó dos campeonatos consecutivos de Luxemburgo en las temporadas 2023-24 y 2024-25, y el doblete de liga y copa de 2025 fue el primero del club desde el logrado por el Red Boys en 1978-79. También ha levantado la Copa de Luxemburgo en 2010, 2011, 2014, 2015 y 2023, consolidando su lugar entre los equipos más laureados del fútbol luxemburgués moderno.