La transformación de un club industrial vinculado a la fabricación de automóviles en un competidor consolidado en la élite del fútbol checo constituye la esencia del FK Mladá Boleslav. Con orígenes históricos que se remontan a 1902 y la fundación de su sección de fútbol en 1911 bajo el nombre de SSK Mladá Boleslav, la entidad estuvo vinculada durante décadas a la fábrica Škoda Auto (compitiendo durante años bajo la denominación Auto Škoda Mladá Boleslav). Esta herencia dio paso a un vertiginoso ascenso deportivo a comienzos del siglo XXI, cuando el equipo logró el ascenso a la primera división checa en 2004 para asentarse de forma permanente en la zona alta de la tabla. El equipo viste tradicionalmente de azul y blanco, colores representativos de la ciudad.
El feudo de la entidad es el Mestsky stadion Mlada Boleslav, un estadio recoleto y cercano que destaca por la proximidad de sus gradas al terreno de juego. En el ámbito nacional, el FK Mladá Boleslav cuenta en su palmarés con 2 copas de la República Checa (Pohár FAČR), conquistadas en la temporada 2010/11 ante el Sigma Olomouc y en la 2015/16 frente al FK Jablonec, además de haber firmado un subcampeonato de liga en la campaña 2005/06. Entre los nombres más ilustres de la historia del club figuran el centrocampista y capitán Marek Matějovský, el delantero Marek Kulič, el máximo goleador histórico de la entidad Jan Chramosta, el ariete Nikolay Komlichenko (récord histórico de goles en una sola temporada de la liga checa) y el técnico Karel Jarolím.
En las competiciones internacionales, el FK Mladá Boleslav ha protagonizado memorables gestas en la Copa de la UEFA. La página más brillante de su historia europea tuvo lugar en la temporada 2006/07, cuando eliminó al Olympique de Marsella francés en la primera ronda; tras perder 1-0 en el encuentro de ida en Francia, el conjunto checo remontó con un memorable 3-1 como local para acceder a la fase de grupos. En la siguiente campaña (2007/08), el equipo repitió hazaña al eliminar al Palermo italiano tras imponerse en una emocionante tanda de penaltis en suelo siciliano.