FC Zimbru Chișinău es uno de los clubes más importantes de la historia del fútbol moldavo y sus raíces se remontan a la época soviética. La fecha oficial de fundación es el 16 de mayo de 1947, cuando Dinamo Chisináu debutó en el campeonato de la Unión Soviética. Durante las décadas siguientes, el club cambió varias veces de denominación y compitió como Burevestnik, Moldova, Avîntul y Nistru, antes de adoptar el nombre Zimbru en 1991. Los característicos colores amarillo y verde se convirtieron en una parte fundamental de su identidad. El nombre Zimbru hace referencia al bisonte europeo, uno de los símbolos de la región.
Durante el periodo soviético, el club disputó once temporadas en la máxima categoría. Su mejor clasificación fue el sexto puesto en 1956. Zimbru también entró en la historia del fútbol soviético gracias a un partido extraordinario contra el Spartak de Moscú. El 11 de septiembre de 1957, el equipo de Chisináu perdía 4-0 en Moscú, pero logró remontar hasta el 4-4. Según la Federación Moldava de Fútbol, se trata del único caso de este tipo en la historia del fútbol soviético.
Tras la independencia de Moldavia, Zimbru se convirtió en la principal fuerza del nuevo campeonato nacional. Es el único club que ha participado en todas las ediciones de la máxima categoría moldava. Durante la primera década del campeonato nacional conquistó ocho títulos de liga, en 1992-1996 y 1998-2000. El último de esos campeonatos llegó en 2000. Posteriormente, el Sheriff Tiraspol pasó a dominar el fútbol moldavo, aunque el club de Chisináu continúa siendo uno de los más laureados del país.
El palmarés nacional se completa con seis Copas de Moldavia, conquistadas en 1997, 1998, 2003, 2004, 2007 y 2014, además de una Supercopa de Moldavia, ganada en 2014. La final de la Copa de 2014 tuvo un significado especial: Zimbru derrotó al Sheriff por 3-1. Fue el primer gran trofeo del club en siete años y representó su regreso a los primeros puestos del fútbol nacional después de un largo periodo de dominio del rival de Tiraspol.
Zimbru fue el primer club moldavo en disputar la Liga de Campeones de la UEFA. Su debut se produjo en la ronda preliminar de la temporada 1993/94, poco después de la incorporación de los clubes moldavos a las competiciones europeas. El equipo también participó en numerosas rondas de clasificación de la Copa de la UEFA, la Liga Europa y la Liga Conferencia. Una de sus eliminatorias europeas más destacadas tuvo lugar en la temporada 1999/2000, cuando Zimbru eliminó al St Patrick's Athletic ganando los dos partidos y venciendo por un contundente 10-0 en el global. En esa misma campaña, el club se enfrentó al Tottenham Hotspur en la primera ronda de la Copa de la UEFA.
Varias figuras importantes del fútbol moldavo estuvieron relacionadas con Zimbru. Entre los jugadores vinculados al club se encontraba Igor Dobrovolski, uno de los futbolistas más destacados nacidos en Moldavia, así como Pavel Cebanu, que posteriormente se convirtió en una figura relevante de la administración del fútbol moldavo. Zimbru también tuvo un papel importante en el desarrollo de jugadores para la selección de Moldavia después de la independencia.
FC Zimbru Chisináu disputa sus partidos como local en el Stadionul Zimbru, en la capital moldava, inaugurado en 2006. El recinto se convirtió en la principal casa del club y en uno de los estadios de referencia del fútbol del país. Sus colores amarillo y verde, una historia que se remonta a 1947 y ocho campeonatos conquistados durante la primera década del fútbol moldavo independiente hacen de Zimbru Chisináu uno de los clubes más históricos y laureados de Moldavia.