El FC Flora Tallinn es el club más laureado de la historia del fútbol estonio, fundado el 10 de marzo de 1990, poco antes de que Estonia restaurara su independencia. El club fue uno de los miembros fundadores de la Meistriliiga en 1992 y, junto al JK Narva Trans, sigue siendo uno de los dos únicos equipos que nunca han descendido de la máxima categoría estonia desde la creación de la liga.
Los verdiblancos (Rohevalged) han conquistado un total de 37 títulos nacionales, lo que los convierte en el líder indiscutible del fútbol de clubes en Estonia. Entre sus logros destacan un récord de 16 campeonatos de liga, nueve Copas de Estonia y un récord de 12 Supercopas nacionales. La temporada 2022 resultó especialmente significativa, cuando el Flora conquistó su 14º título liguero con 97 puntos, igualando el récord de puntos en una temporada que había establecido el FC Levadia en 2009.
El club ha apostado sistemáticamente por el desarrollo de talento local, convirtiéndose en uno de los principales proveedores de jugadores para la selección estonia, entre ellos el delantero Rauno Sappinen. Pelle Pohlak ha ejercido como presidente del club durante muchos años, contribuyendo a construir los éxitos del Flora desde sus primeras temporadas.
Un hito histórico en competición europea llegó en la temporada 2021-22. El Flora se convirtió en el primer club estonio —y hasta la fecha el único— en alcanzar la fase de grupos de una competición de clubes de la UEFA, integrando un grupo de la Conference League junto al Gent belga, el Partizan serbio y el Anorthosis chipriota. En un partido a domicilio ante el Anorthosis, dos goles de Rauno Sappinen le dieron al Flora el primer punto logrado por un club estonio en esta fase de una competición europea, remontando un 0-2 en contra para acabar empatando 2-2. Un hito aún mayor llegó en la última jornada, cuando un gol de Martin Miller aseguró una victoria por 1-0 como local ante el Partizan en Tallin, la primera victoria de un club estonio en la fase de grupos de una competición de la UEFA.
El Flora disputa sus partidos como local en el Estadio Lilleküla de Tallin, un recinto con capacidad para más de 14.000 espectadores, conocido comercialmente también como A. Le Coq Arena.