FC Flora Tallinn to najbardziej utytułowany klub w historii estońskiej piłki nożnej, założony 10 marca 1990 roku, jeszcze przed przywróceniem niepodległości Estonii. Klub był jednym z założycieli ligi Meistriliiga w 1992 roku i – obok JK Narva Trans – pozostaje jedynym zespołem, który nigdy nie spadł z najwyższej klasy rozgrywkowej od momentu jej powstania.
Zielono-biali (Rohevalged) zdobyli łącznie 37 trofeów krajowych, co czyni ich bezsprzecznym liderem estońskiej piłki klubowej. W tym dorobku znajduje się rekordowe 16 tytułów mistrzowskich, 9 Pucharów Estonii oraz rekordowe 12 Superpucharów kraju. Sezon 2022 zapisał się szczególnie mocno w historii klubu – Flora sięgnęła po 14. tytuł mistrzowski, zdobywając 97 punktów i wyrównując rekord ligi ustanowiony przez FC Levadia w 2009 roku.
Klub od zawsze stawia na rozwój rodzimych zawodników, będąc jednym z głównych dostawców kadrowiczów dla reprezentacji Estonii, w tym takich postaci jak napastnik Rauno Sappinen. Prezesem klubu od wielu lat pozostaje Pelle Pohlak, który współtworzył sukcesy Flory już od pierwszych lat jej istnienia.
Historyczny przełom w europejskich pucharach nadszedł w sezonie 2021/2022. Flora, jako pierwszy i jak dotąd jedyny klub z Estonii, awansowała do fazy grupowej rozgrywek UEFA, docierając do grupy Ligi Konferencji Europy wraz z belgijskim Gent, serbskim Partizanem oraz cypryjskim Anorthosisem. W wyjazdowym meczu z Anorthosisem, dzięki dwóm golom Rauno Sappinena, Flora zdobyła pierwszy w historii punkt estońskiego klubu na tym etapie europejskich pucharów, odrabiając straty z 0:2 na 2:2. Jeszcze większym wydarzeniem okazało się zwycięstwo 1:0 nad Partizanem w Tallinnie w ostatniej kolejce fazy grupowej, dzięki trafieniu Martina Millera – pierwsza w historii wygrana estońskiego klubu na etapie grupowym europejskich pucharów.
Mecze domowe Flora rozgrywa na Stadionie Lilleküla w Tallinnie, obiekcie o pojemności ponad 14 tysięcy miejsc, znanym również pod komercyjną nazwą A. Le Coq Arena.