FC Ballkani es uno de los clubes que han experimentado una transformación más notable en el fútbol kosovar moderno. Fundado en 1947 en Suhareka, el club comenzó su historia con el nombre de Rinia. Hasta 1952 disputó principalmente partidos amistosos, antes de incorporarse a las competiciones oficiales del campeonato de Kosovo. El nombre Ballkani fue adoptado en 1965, cuando el club pasó a estar gestionado por la empresa local de la industria química y del caucho Ballkan.
Uno de los elementos más característicos de la identidad del club son sus colores naranja y negro. Según la propia historia oficial de Ballkani, estos colores fueron adoptados en 1974 y el naranja estuvo inspirado por la selección de los Países Bajos de la época en la que Johan Cruyff y el fútbol total marcaron una etapa del fútbol europeo. Antes de ese cambio, Ballkani utilizaba principalmente el blanco. El naranja se convirtió posteriormente en uno de los símbolos más reconocibles del club y sus aficionados son conocidos como los Xhebrailat.
Durante gran parte de su historia, Ballkani compitió en torneos regionales y nacionales, y después de la guerra de Kosovo atravesó también diferentes etapas de reconstrucción deportiva. Regresó a la Superliga en 2010, aunque posteriormente volvió a descender. El punto de inflexión llegó después de su regreso a la máxima categoría en la temporada 2017/18. La mejora de la organización y la inversión en el equipo transformaron rápidamente al conjunto de Suhareka en un aspirante a los principales títulos nacionales.
El gran salto llegó en 2022, cuando Ballkani conquistó por primera vez el campeonato de Kosovo. El equipo terminó aquella temporada con 76 puntos en 36 partidos, después de conseguir 23 victorias. Aquel éxito inició el periodo más brillante de la historia del club. Ballkani revalidó el título en 2022/23 y volvió a proclamarse campeón en 2023/24, logrando tres campeonatos consecutivos. De este modo igualó el registro de Besa Peja, que hasta entonces había sido el único club que había ganado tres campeonatos de Kosovo seguidos, entre 2005 y 2007. El entrenador durante esta serie de títulos fue Ilir Daja.
La temporada 2023/24 también llevó a Ballkani su primer triunfo en la Copa de Kosovo. En la final del 22 de mayo de 2024, el equipo se enfrentó al FC Prishtina. El encuentro terminó 2-2 después del tiempo reglamentario y la prórroga, y Ballkani se impuso por 4-2 en la tanda de penaltis. La victoria llegó pocos días después de asegurar el tercer campeonato consecutivo, completando así el primer doblete nacional de la historia del club.
Las competiciones europeas tienen una importancia todavía mayor en la historia de Ballkani. El club debutó internacionalmente en julio de 2022, comenzando en la primera ronda de clasificación de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Žalgiris de Vilna. Tras quedar eliminado, Ballkani pasó a las rondas de clasificación de la Liga Conferencia. El equipo kosovar eliminó a La Fiorita, KÍ Klaksvík y Shkupi, convirtiéndose en el primer club de Kosovo en alcanzar la fase de grupos de una competición de clubes de la UEFA. La eliminatoria contra La Fiorita incluyó dos victorias especialmente contundentes, por 4-0 fuera de casa y 6-0 como local.
En la fase de grupos de la Liga Conferencia 2022/23, Ballkani se enfrentó a Slavia Praga, CFR Cluj y Sivasspor. El conjunto kosovar consiguió cuatro puntos y logró una destacada victoria como visitante ante el Sivasspor. Su clasificación tuvo una importancia histórica independientemente de su posición final, ya que Ballkani se convirtió en el primer club kosovar en alcanzar una fase de grupos de una competición de la UEFA. Un año después repitió el logro al clasificarse para la fase de grupos de la Liga Conferencia 2023/24, donde se enfrentó, entre otros, a Dinamo Zagreb y Viktoria Plzeň. La UEFA registra 24 partidos de Ballkani en la fase de grupos de la Liga Conferencia correspondientes a las temporadas 2022/23 y 2023/24.
El estadio del club es el Stadiumi i Qytetit de Suhareka. El recinto no cumplía los requisitos de la UEFA para disputar allí partidos europeos, por lo que durante la histórica campaña de 2022 Ballkani jugó sus encuentros europeos como local en el Estadio Fadil Vokrri de Pristina. A pesar de utilizar el principal estadio de la capital en las competiciones continentales, el club ha mantenido una fuerte identidad local y su crecimiento se ha convertido en uno de los ejemplos más claros de la consolidación de un equipo procedente de una ciudad fuera de los centros tradicionales del fútbol kosovar.
La historia moderna de FC Ballkani está marcada, por tanto, por un rápido crecimiento deportivo. Tres campeonatos consecutivos de Kosovo entre 2022 y 2024, la primera Copa de Kosovo conquistada en 2024 y dos clasificaciones consecutivas para la fase de grupos de la Liga Conferencia han situado a Ballkani entre los clubes más importantes del fútbol kosovar contemporáneo. Su ascenso resulta especialmente significativo porque gran parte de su posición actual en el fútbol nacional se construyó en un periodo relativamente corto, culminando con un hito histórico para Kosovo en el escenario europeo.